生命学院:青年才俊成长的摇篮

发布者:SLST发布时间:2018-12-26浏览次数:381

上海科技大学生命科学与技术学院自2013年9月成立以来,截止到2018年12月份,常任教授共发表高水平科研学术成果159篇(2015年10篇,2016年37篇,2017年51篇,2018年61篇),其中助理教授发表文章93篇。这些高水平学术文章主要发布在国际知名学术期刊Cell、Nature、Science、Cell Research、Nature Communications、Nature Methods、Nature Biotechnology、Nature Neuroscience、Nature Structural & Molecular Biology、Hepatology、RNA Biology、DNA Repair、Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)、Oncogene、Annual Review of Cell and Developmental Biology上。

     学院成立5年来,常任青年教授培养与成长效果显著,发表的高水平科研成果占总发表量的58.5%。取得如此成果,得益于上科大的办学理念:高水平、小规模、国际化及与中科院的深度合作。一所新的高校及学院要建立起来,首要解决的便是教授队伍的建设,如此才能支撑学院及学校的长远发展。籍此,学院在招聘常任教授的时候秉承“五重”原则:重品行,重育人,重学问,重能力,重公认,对人才引进严格把关,师资面试的时候,由院长亲自主持,并邀请中科院及兄弟院校研究所的知名教授组成面试委员会,对应聘者进行全方位考察。既考察其独立进行学术科研的能力,也坚持学术诚信及道德要求。一旦双方确认,上科大及生命学院全力为教授提供一流的科研环境,并着力解决相关家庭生活及子女教育问题,使得教授能够心无旁骛、全身心投入科研活动。在此过程中,产生了一批有作为的青年才俊,黄鹏羽老师、陈佳老师便是其中的代表。


黄鹏羽:在肝脏疾病与肝脏再生研究领域崭露头角



    黄鹏羽,2008年本科毕业于华中科技大学,同年进入中科院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所。2011年建立体外诱导小鼠成纤维细胞转分化为肝实质细胞的方法,该成果获当年“中国十大科学进展”。2013年毕业获细胞生物学博士学位,并于2014年7月加入上海科技大学生命科学与技术学院任助理教授、研究员、博士生导师,同时建立肝脏疾病与肝脏再生实验室。目前实验室主要从事慢性肝损伤后肝脏再生的机制和治疗的研究,尤其关注肝损伤过程中细胞死亡机制、小RNA修饰调控和细胞命运的调控。目前承担国家自然基金委优青项目、面上项目、科技部重点研发等项目。


科 研

入职上科大以来,黄鹏羽教授科研进展顺利,目前已与合作者分别在Hepatology和Nature Neuroscience发表两篇关于肝脏再生方面的高水平学术论文:

1.HEPATOLOGY

          黄鹏羽教授课题组与中山大学孙逸仙纪念医院合作,发现慢性肝损伤后肝脏再生过程中生长因子IGF-2的重要调控功能。2017年6月27日,相关成果以“Pericentral hepatocytes produce IGF-2 to promote liver regeneration during special injuries”为题,在国际知名学术期刊《HEPATOLOGY》上发表。

2. Nature Neuroscience

         时隔半年,黄鹏羽教授课题组与中国科学院神经科学研究所杨辉研究员合作,建立了基于CRISPR/dCas9转基因小鼠的体内基因激活系统,实现了在小鼠脑和肝脏中的多基因同时激活。该体内激活系统的建立,将会为研究神经细胞的转分化以及全基因组基因的转录激活筛选提供重要的平台。2018年1月15日,相关成果以“In vivo simultaneous transcriptional activation of multiple genes in the brain using CRISPR-dCas9-activator transgenic mice”为题,在国际知名学术期刊《自然-神经科学》(Nature Neuroscience)上以Technical Reports的形式在线发表。

教学与任务

作为上海科技大学的助理教授,黄鹏羽的岗位职责不止限于科研工作,还承担了相关教学及学院本科生和研究生的招生宣传工作。在教学工作上,他和吴家睿院长开创了生命学院的《现代生命科学导论》课程。这是他第一次给本科生上课,而且这是一门紧跟科学前沿进展,融合贯穿各研究领域的创新课。为此,他花了很多精力备课,阅读大量文献,参考多本经典教材,浏览海外一流高校教学视频。在参与驻地招生的过程中,他深刻的感受到学生对上海科技大学这个创新型大学期望很高,尤其是对老师的期望更高,很多学生和家长都不希望接受传统的“灌输式”教育。因此,黄鹏羽一点点的调整优化课程,让学生理论与实践相结合,这个过程中黄鹏羽也实现了从没有经验到收获经验的转变。

黄鹏羽每年会参加河南和湖南两省的本科生招生工作,以及内蒙古和武汉的研究生招生工作,与学生与家长进行深入交流,了解他们对学校的期望,宣传学校的办学理念,吸引了一批学生报考我校。

四年来,黄鹏羽课题组取得了一些科研进展,参与了上科大第一届本科毕业生和第一届博士毕业生的培养。谈及未来,黄鹏羽老师希望能在取得更多的科研成果,以学生为本,一切为了学生,始终不忘自己作为一名教师的初衷,做到“传道授业解惑”。

学生感言

作为黄鹏羽组中两位“资历较老”的成员,2014级硕博连读生刘俊来和2015级硕博连读生彭文博坦言——当时选择上科大,选择黄鹏羽老师组:

一来是看好上科大的“双重身份”——上海市政府与中科院合办的高校,既有中科院系统的严谨的科研氛围,也有过硬的基础设施、良好的实验环境,这些条件相比中科院的研究所来说,也是很好的,更有大学所应有的丰富多彩的体育文化等娱乐活动,用来调节生活节奏;

二来是兴趣所在,中国是肝脏疾病大国,做这方面的研究应该更有实际意义;

第三是看中黄鹏羽老师与自己没有“代沟”,可以更轻松的交流。生命学院所实行的轮转制,有半年的时间可供师生互相了解。与黄鹏羽老师接触下来的感觉是实验室氛围比较宽松融洽,围绕所在组的课题研究有了自己的兴趣方向后,在导师的允许与指导下,能做一些有益的尝试。在某些新兴领域,导师也可能涉及不广,这是很客观的事情,在这个时候黄鹏羽老师也愿意和我们一起探索去学习。

组里也经常组织团建活动,这些都增强了凝聚力。因此,尽管科研工作是辛苦的,通常早上九点之前到实验室,晚上十二点之后才回寝室,但正是由于融洽的氛围,良好的师生关系,强烈的兴趣所在,成就了课题组成立短短四年来的快速发展,作为课题组的一份子,深感自豪。


陈佳:持续发力DNA修复及基因编辑研究


陈佳,2002年本科毕业于南开大学生命科学学院生物化学系;2009年在中科院上海生物化学与细胞生物学研究所获博士学位;2009年至2014年在美国国立卫生研究院糖尿病、消化道和肾脏疾病研究所(NIH/NIDDK)进行博士后研究工作。2014年11月加入上海科技大学生命科学与技术学院任助理教授、研究员。2016年5月获得上海市科委浦江人才计划资助。目前承担国家自然基金委优青项目、面上项目、青年项目等科研项目。


科 研

陈佳教授在2014年-2018年任职上科大的短短四年间,与合作者相继在Cell Research、Nature Structural & Molecular Biology、Nature Biotechnology上发表4篇高质量研究论文,阐明了胞嘧啶脱氨酶在CRISPR/Cas9介导的基因编辑过程中产生突变的分子机制,成功创建了具有更高精准性和更高效率的增强型碱基编辑器eBE、可在基因组腺嘌呤/胸腺嘧啶富集区域内开展有效编辑的Cpf1碱基编辑器,以及可在胞嘧啶/鸟嘌呤富集区域和高甲基化区域内开展高效编辑的普适型Cas9碱基编辑器。这些工作将DNA损伤修复机制与基因编辑相结合,并研发出新型碱基编辑系统。详细如下:


1. Cell Research

        陈佳教授研究组、中国科学院-马普计算生物学研究所研究员杨力(上海科技大学生命学院特聘教授)研究组与上科大免疫化学研究所副研究员杨贝开展合作研究,开发了一种增强型碱基编辑器(enhanced base editor, eBE),其克服了原有碱基编辑技术保真度较低的缺陷,实现了更高精度和更高效率的基因组单碱基编辑。2017年8月29日,相关成果以“Enhanced base editing by co-expression of free uracil DNA glycosylase inhibitor”为题,在知名学术期刊《细胞研究》(Cell Research)上在线发表。

2. Nature Structural & Molecular Biology

        陈佳教授与中国科学院-马普计算生物学研究所研究员杨力(上海科技大学生命学院特聘教授)及南京医科大学沈彬教授合作,共同揭示了胞嘧啶脱氨酶(APOBEC)在CRISPR/Cas9引发的DNA断裂修复过程中产生突变的新机制,并为进一步提高基因组编辑保真度提供了新思路。2017年12月12日,相关成果以“APOBEC3 induces mutations during repair of CRISPR-Cas9-generated DNA breaks”为题,在知名学术期刊《自然-结构与分子生物学》(Nature Structural & Molecular Biology)上在线发表。

3. Nature Biotechnology

        陈佳教授研究组、黄行许教授研究组与中国科学院-马普计算生物学研究所研究员杨力(上海科技大学生命学院特聘教授)研究组通过合作研究,开发出一系列基于CRISPR/Cpf1(Cas12a)的新型碱基编辑器(dCpf1-BE)。2018年3月20日,相关成果以“Base editing with a Cpf1–cytidine deaminase fusion”为题,在知名学术期刊《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)上在线发表。

4. Nature Biotechnology

        陈佳教授课题组、黄行许教授课题组与中国科学院-马普计算生物学研究所研究员杨力(上海科技大学生命学院特聘教授)研究组开展合作研究,成功开发出一系列基于人胞嘧啶脱氨酶APOBEC的新型普适碱基编辑器,其中基于人APOBEC3A(hA3A)的碱基编辑器可高效介导甲基化胞嘧啶mC到胸腺嘧啶T的编辑。2018年8月20日,相关工作以“Efficient base editing in methylated regions with a human APOBEC3A-Cas9 fusion”为题,在知名学术期刊《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)上在线发表。

采访实录

值此撰文之际,生命学院公众号小编对陈佳老师进行了一次实时采访,整理出来以飨读者:

选择上科大

生命学院公众号小编学生(下文简称“生”)老师,您来上科大这么多年了,您当初是为什么选择上科大呢?

陈佳老师(下文简称“师”):上科大因为是一个年轻的学校,氛围特别好,活力方面也跟美国的系统比较接近,采用tenure track system,科研方面有比较大的自由度。总的来说就是气氛特别好,非常适合年轻的科学家,所以就选择了上科大。

您相当于是见证了上科大成长,对于上科大发展上的飞跃你有没有什么看法或者建议?

:我们是和上科大一起成长,一起奋斗的,从无到有,从小到大,任何事情都是这样子。所有老师学生在一起共同努力,从教学到科研各方面我们都在不断进步。

科研诀窍

老师,我们都知道您发表了一些非常牛的成果,请问您有没有什么窍门秘诀和我们分享?

:也不能说很牛,是研究进展比较顺利,大家又很努力,有一些文章发表出来了。关于窍门秘诀,我觉得第一点还是要努力,机遇总是给有准备的人,所以你必须非常努力。然后你需要关注科学的前沿,做一些比较重要的领域。另外就是需要多交流,跟国内国外同领域的科学家多交流。当然,你自己有的时候也需要一点smart的想法,去做实验来验证你的想法。如果运气比较好能够做出来,再去发表文章,让领域里的人见到你的工作。

我之前上课听到一些老师说,一些SCI上发表论文,脑回路越清奇越好,是这样的吗?

:他们确实喜欢一些unique的工作,但是你的unique不能是没有用处的unique,它要又独特又新颖又很重要,那是他们比较喜欢的。

实验室组建

那我们说说实验室,组建一个实验室是一个什么的工作,怎么把分工协调做到比较完美?

:实验室的组建过程也和学校差不多,从小到大的一个过程。一开始只有我一个人,然后有了第一个工作人员,然后有了学生,差不多一年两个学生这样的速度。一开始的时候因为人比较少,我自己也要做一些实验,在做实验的过程当中,可以把我做实验的方法教给我的学生,慢慢的很多学生开始用类似的方法并有正反馈,大家都做得比较好然后互相鼓励互相促进,就会越做越好。实际上和上科大的发展挺像的,很多课题组在一起互相鼓励互相促进,然后也互相合作,就把氛围搞得很好。

在您看来什么样的氛围是一个最理想的氛围?

:理想的氛围就是每个人都很热爱他做的课题,而不是当成一个任务、一个累赘。大家就会很享受这样的一个过程。这样是我觉得一个最理想的氛围。

困境应对

您的实验室有了这么多杰出的成就,那有没有遇到困难,遇到困难又是怎么解决的?

:困难肯定是有的。我们第一个工作投稿的过程很久,从最初投稿到最后接收差不多有两年,中间经历过很多的挫折(相关报道见:https://mp.weixin.qq.com/s/AqDcbNecmSXVcD_jlN4QyQ)。我觉得首先要坚持住,要相信自己做的东西是有价值的。其实文章都是由审稿人在审稿,不同的审稿人口味也不一样。所以有的时候一方面是他要求你做更多实验,你要做上去,另外有的时候也确实有运气在里面,看你的文章投给哪个审稿人。总的来说你要坚定自己的信念,相信自己做的东西很好,即使遭受到了挫折,别人说文章并不好你也不要气馁。

如果说做实验的过程中,出现了一些问题,那您是怎么解决的?有人说,有的时候实验是失败的是因为实验的结果不一定符合预期,但你要客观的看待这个事情,相信你看到的现象就是真实的。关于这个观点,您是怎么想的?

:这你要先是确定你的结果是solid的,是可重复的。这个实验你做了三次或五次,结果是很一致的。不管结果和你预期的是一样或是不一样的,它背后一定都有那么一个原理,一个机制。这个时候我觉得就是要客观的分析,而就不是说你期待什么结果它就是什么结果。第二种情况是有的时候这个结果没办法给你明确的信息,这就比较讨厌。所以你就要想办法改进你的实验过程,能够得到一个很清晰的,到底是yes还是no的结果。不管是yes还是no都很好,就害怕得到搞不清是yes还是no的模棱两可的结果。

我之前听说在生命领域几乎每一个被认定了的法则都会有例外的情况出现,是这样吗?

:我很同意,因为生命科学是一个实验性的科学。他不像数学或者理论物理那样1+1=2,而是靠实验做出来。所以有的时候经常会有exception,就是意外出现,往往这个exception就是一个新的发现。

师生互选

老师在您挑选学生的时候,最看重的是学生的什么品质?

:首先我就觉得学生要热爱科研,然后就是要很勤奋,整天等着天上掉馅饼是不可能的。还是要仔细有责任心,只有认真仔细才能发现细节上的问题,才可能有重大发现。其他方面也很重要,比如说smart这方面,但这毕竟生命科学是实验性科学,光smart也没用,很多时候还是要能吃苦,把实验做好。

对于不同的课题组,有的课题组喜欢给学生拟定课题但有些课题组则会选择让学生自己寻找课题,老师不会有太大的干预,对于这个现象,您有什么看法吗?

:不同实验室有不同的风格。上科大很多实验可能会指定课题,因为上科大年轻老师比较多,年轻老师往往会给一些课题让学生做去做。有一些资深的老师往往喜欢给出大方向,指点一下然后让学生自己去探索。这两种情况各有各的好处,很难说哪种好哪种不好。给定课题文章后发文章可能比较快,指定大方向的话学生自己去构思idea,自己去看文献,设计实验并做实验解决问题,得到的训练更全面。

平衡科研与生活

在您看来,学生该如何平衡科研和生活的时间的?

:我自己来说,一旦热爱科研这件事情,就不觉得有什么问题。生活怎么和科研融合在一起,这还是看你对科研有多热爱。我和我的学生都有一句话,就是以你的工作来安排你的生活,实验的空隙再去干别的事情,而不是反过来,如果反过来可能就做不好科研了。科研是最快乐的事情,所以平衡生活和科研就不是问题。

生涯规划

对于学生的生涯规划和科研思维培养方面,您有什么建议吗?

:人生规划方面我尊重学生的自我选择,因为每个人都有不一样的选择。但我觉得在你们读研和读博阶段要学会如何去做研究,如何去自主学习。我觉得做研究是一个不断自主学习的过程。同学们之前学习都是由老师讲授,有人在教你学。研究生之后就是自学,没有人教你,也没有人跟在后面给你上课。现在有互联网,有各种各样的信息,能在这个知识爆炸的世界中搜寻有用的、你所需要的知识来完成你的工作,这就是一个自学的过程。研究生阶段这个能力掌握了,之后无论干什么,我觉得都很有用处,成功的可能性都更大。


写在后面

吴晶老师于2015年1月份加入陈佳老师实验室,作为第一批加入实验室的工作人员,与陈佳老师有着工作上的天然熟悉,她认为:陈佳老师是一位非常谦虚、低调有亲和力的老师, “佳哥”是学生们对陈老师的称呼,后来演变成学院师生对他的“非官方称呼”。科研上陈佳老师是位严师,他要求学生读文献要有“打破砂锅问到底”的专研精神,实验技术强调重复性。不仅对学生要求严,对自己要求更严,节假日和周末在实验室都能见到他的身影,每次出差回来的第一时间是提着行李箱先到实验室工作。此外,每周亲自带学生分析和讨论实验结果是陈老师的必修课,同时他还引导启发学生的科研思维,锻炼各位学生的自主实验设计;而生活上陈老师像位大家长,心系学生和实验室工作人员个人生活状况,留意学生的情绪波动,并主动和学生沟通谈心,为他们疏导生活中的烦心事。陈佳老师实验室,平常实验很忙碌,但气氛活跃,总之,像一个和谐的大家庭。

另外,陈佳老师喜欢在实验间隙或是给学生上课的课间休息、又或是午餐后的短暂休息时间到学院行政办公室喝杯咖啡。有的时候一天两三次,甚至更多。其实行政办公室的老师,并不希望他过多地来喝咖啡,喝咖啡次数的增多代表工作强度的成倍增大;但我们又期待他能来喝一两杯,这时候便是难得的交流时间,恰恰是这段时间的交流解决了课程安排上的难题,外出招生宣讲上的人手短缺,了解课题组里遇到的问题以便提前解决……学院的其他老师也是一样喜欢在空余时间到行政办公室喝杯咖啡,行政办公室充当了学院的“闲谈交流中心”,这应该就是陈佳老师说的“氛围特别好”。

陈佳老师一直强调,入职上科大4年多来所取得的成绩得益于上科大提供的良好软硬件条件、与中科院系统的密切合作、全组工作人员的忘我工作精神,最后才提到自己所做的努力。在搬到上科大新校区之前,陈佳老师与黄行许老师同在一个用半堵墙隔开的办公室工作,几乎没有隔音。恰恰是这点,为两位老师交流提供了便利——每天两位老师都要隔着这半堵墙,时不时聊上几句,碰撞出灵感的火花。陈佳老师发表的4篇论文当中有3篇就是这样与黄老师“聊出来”的。








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