2019年4月18日，我校生命科学与技术学院陈佳教授、免疫化学研究所杨贝副研究员与我校特聘教授、中国科学院－马普计算生物学伙伴研究所杨力研究员，应邀在国际知名学术期刊《自然-生物技术》（Nature Biotechnology）上发表题为“To BE or not to BE, that is the question”的新闻与视角（News andViews）评论文章，介绍了近期发表在Science和Nature Biotechnology上有关碱基编辑研究的最新进展情况，并展望了未来碱基编辑领域可能的发展新方向。
近年来，利用CRISPR/Cas9 基因编辑系统与核苷脱氨酶整合而发展出的新型碱基编辑系统（Base Editor, BE），包括可实现C-to-T编辑的胞嘧啶碱基编辑器（Cytosine Base Editor, CBE）和实现A-to-G编辑的腺嘌呤碱基编辑器（Adenine Base Editor, ABE），可在单碱基水平实现精准高效的基因组定向编辑。这种新型碱基编辑系统，理论上不会对基因组DNA造成双链断裂损伤，且可对上千种引起人类疾病的基因组碱基突变进行定点矫正，因而拥有广泛的临床应用前景。然而，最近发表在Science杂志上的两项研究表明，与传统的Cas9相比，一种早期构建的胞嘧啶碱基编辑器BE3可在小鼠胚胎和水稻的基因组中造成比Cas9更多的非特异性突变，且这些非特异突变的产生不依赖于sgRNA的特异性引导（Zuo et al., 2019, Science; Jin et al., 2019, Science），而相同条件下的腺嘌呤碱基编辑器却并没有产生这些脱靶效应（Zuo et al., 2019, Science; Jin et al., 2019, Science; Kim et al., 2019,Nature Biotechnology）。虽然上述发表的研究中没有详细报道BE3造成非特异性突变的机制，但是该新闻与视角文章推测BE3中的胞嘧啶脱氨酶可能通过不依赖sgRNA介导的胞嘧啶脱氨反应造成意外的脱靶效应，并相应提出一些降低胞嘧啶碱基编辑器非特异性突变的策略，如：通过替换或改造碱基编辑器中的胞嘧啶脱氨酶实现可控的脱氨活性或与底物DNA结合的能力等。最后，文章指出，基于低活性胞嘧啶脱氨酶所构建的胞嘧啶碱基编辑器，可能无法有效介导在组织器官或者体细胞（如原代血细胞）中的基因组靶向碱基编辑。因此，如何发展新策略构建低脱靶率的高效碱基编辑系统将成为碱基编辑领域未来发展的难点和突破点。
陈佳教授实验室长期从事DNA修复以及基因编辑相关的研究工作，已阐明胞嘧啶脱氨酶APOBEC在CRISPR/Cas9介导的基因编辑过程中产生突变的分子机制，并成功创建多种新型碱基编辑系统（Wang et al., 2017, Cell Res; Lei et al., 2018, Nat Struct Mol Biol; Li et al., 2018, Nat Biotechnol; Wang et al., 2018, Nat Biotechnol）。陈佳教授、杨贝副研究员与杨力研究员为该论文的共同通讯作者，上海科技大学生命科学与技术学院为论文的第一完成单位。
文章链接：https://www.nature.com/articles/s41587-019-0119-x
a) Cas9介导的基因编辑与其激活的DNA损伤响应。
b) BE3在sgRNA依赖性的靶向位点和脱靶位点介导碱基编辑。
c) BE3在sgRNA非依赖性的脱靶位点介导碱基编辑。