孙博

4. 2020年8月13日，课题组在学术期刊《EMBO Reports》发表研究论文，揭示金黄色酿脓葡萄球菌中的SaCas9蛋白与靶标DNA结合、解旋、切割以及解离这一动态过程的分子机制以及两者之间的稳定互作位点，对其作为DNA工具的开发和应用提供了重要的指导。

图4：A, 单分子荧光光镊技术观测SaCas9；B, SaCas9结合、解旋、切割以及释放靶向DNA的动态示意图。

5. 2021年11月25日，课题组与合作者在学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表研究论文，明确SpCas9的四个赖氨酸通过静电力与PAM和protospacer外的DNA互作，揭示该位点在调控SpCas9靶向DNA中的功能。

图5：后PAM作用位点调控SpCas9采样及解旋DNA的分子机制模型。

6. 2022年6月3日，课题组在学术期刊《美国科学院院报》（PNAS）发表研究论文，报道解旋酶BLM通过蛋白聚集状态的改变调整活性及功能的新路径，为理解其在同源重组中的功能以及研究蛋白寡聚状态和功能的关系提供了参考。

图6：A, BLM对向解旋并聚集后实现单链DNA滑动；B, BLM解旋酶活性转换模型。

7. 2022年7月29日，课题组在学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表研究论文，报道DNA分离相关蛋白ParB通过多聚化桥联、运输DNA等独特特性，为理解ParABS系统调节DNA分离提供了重要的分子基础。

图7：单分子实验及ParB多聚体组织DNA组装的分子机制模型。

8. 2022年8月3日，课题组与合作者在学术期刊《德国应用化学》（Angewandte Chemie International Edition）发表究论文，报道BLM解旋酶通过相分离压缩单链DNA并与之形成共凝聚体，为BLM过表达导致基因组不稳定的分子机制提供了新见解。

图8：BLM过表达影响同源重组，导致基因组不稳定模型。

9. 2022年11月3日，课题组在学术期刊《欧洲分子生物学学会杂志》（EMBO Journal）发表研究论文，报道外切酶EXD2非连续性降解核酸的新机制，为理解外切酶协调高级结构核酸的分解与降解提供了新的视角，也为明确EXD2的体内功能提供了重要参考。

图9：EXD2切割RNA–DNA杂合体的动力学分析及模型。

10. 2023年6月28日，课题组与合作者在学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表研究论文，报道核酸酶RNase H1缺失导致R-loop累积，影响重组酶RAD51和DMC1招募，继而导致减数分裂同源重组异常。

图10：单分子光镊实验及RNase H1影响重组酶招募的分子机制模型。

11. 2023年8月18日，课题组与合作者在学术期刊《中国科学-生命科学》（Science China - Life Sciences）发表研究论文，报道核酸酶Nme2Cas9可以解旋protospacer外DNA，并构建了有32nt编辑窗口的碱基编辑器，为医学及生物学研究提供了新工具。

图11：Nme2Cas9碱基编辑器及其对靶向DNA的编辑范围和效率。

12. 2023年12月21日，课题组在学术期刊《先进科学》（Advanced Science）发表研究论文，报道G-四链体调控DNA复制的动力学分子机制，揭示复制型解旋酶的多种功能以及复制体对G-四链体的固有耐受性，为研究复制重启路径提供了重要参考。

图12：T7复制体克服前导链和后随链G-四链体的分子机制。

13. 2024年6月22日，课题组与合作者在学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表研究论文，报道染色体分离蛋白ParB通过相分离凝聚DNA的多种方式，揭示ParB-DNA共凝聚体维持稳定复合物结构，为理解染色体分离提供了新见解。

图13: 染色体分离蛋白ParB通过相分离组装染色体分离复合物。

14. 2024年8月29日，课题组与合作者在学术期刊《自然-通讯》（Nature Communications）发表研究论文，报道了RPA转变RNase H1为双向核糖核酸外切酶，实现RNA-DNA杂合链的持续性降解，揭示了RNase H1独特的核酸酶活性。

图14：RNase H1催化双向RNA-DNA杂合核酸降解的分子机制模型。

15. 2024年11月12日，课题组在学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表研究论文，报道AsCas12f1结合原间隔外DNA的解旋以及外切酶活性实现对靶DNA的顺序切割，提供了紧凑型CRISPR核酸酶降解核酸的完整动态视图。

图15：AsCas12f1催化DNA靶序列顺序切割的分子机制模型。

16. 2025年3月13日，课题组与合作者在学术期刊《聚集体》（Aggregate）发表研究论文，解析alpha-syn淀粉样纤维结构稳定性的分子机制，在单分子水平阐明其结构和力学特性的关系，为未来开发帕金森等神经退行性疾病的新型治疗药物提供了新的线索。

图16：Alpha-syn淀粉样纤维的单分子检测及分子动力学模拟。