杨海涛教授担任了国家重点研发计划总体专家组专家、国家“重大新药创制”科技重大专项评审专家、法国国家科研署基金外审专家、英国惠康基金会（Wellcome Trust）评审专家、波兰国家科学基金外审专家、香港特区政府研究资助局评审专家、苏黎世联邦理工学院（ETH）研究管理委员会外审专家、多个国家级重大人才/青年人才项目评审专家、中国博士后创新人才支持计划/特别资助专项评审专家、教育部全国博士学位论文抽检评议专家、国家重点基础研究发展计划（973计划）青年项目首席科学家、中国生物化学与分子生物学会副秘书长、上海市生物化学与分子生物学学会副理事长、上海市生物物理学会副理事长、上海市昆虫学会理事、上海科技大学学术委员会委员、上海交通大学系统生物医学教育部重点实验室学术委员会委员、中国生物化学与分子生物学会蛋白质专业分会委员、中国昆虫学会昆虫比较免疫与互作专业委员会委员；担任了Nature、Cell、The Lancet Infectious Diseases、Nature Cell Biology、Cell Host & Microbe、Nature Reviews Drug Discovery、Nature Chemical Biology、Science Translational Medicine、Nature Biomedical Engineering、Nature Communications、Science Advances、PNAS Nexus、eLife、PLOS Pathogens、Angewandte Chemie、ACS Central Science、Chemical Science、Journal of Medicinal Chemistry、mBio、Journal of Virology、Structure、Current Opinion in Virology、ACS Catalysis、The Lancet's EBioMedicine、Journal of Antimicrobial Chemotherapy和Small Science等数十种国际知名杂志的审稿人；担任了中国期刊Cell Research、Protein & Cell、Science Bulletin、Journal of Molecular Cell Biology和Signal Transduction and Targeted Therapy的审稿人。获得了中国产学研合作促进奖、中国侨界贡献奖、科学中国人年度人物、谈家桢生命科学创新奖、树兰青年医学奖、Promega Award for Biochemistry、中源协和生命医学创新突破奖、药明康德生命化学杰出成就奖、宝钢优秀教师奖和尚思探索学者等奖项。近期研究成果包括：
1、在结核杆菌关键药物靶点的结构和药物发现的研究中取得进展，论文发表于Cell、Science等杂志，并入选2019年度“中国高校十大科技进展”和2019年度“中国生命科学十大进展”。
2、在新型冠状病毒关键药物靶点的结构、耐药机制以及药物开发的研究中取得进展，相关研究论文先后在Nature、Science（封面论文）、Cell、Nature Structural & Molecular Biology和PNAS等杂志发表，并在Cell和Nature Reviews Microbiology杂志上发表了特邀综述。以上成果入选2020年度富林沃斯（Falling Walls）生命科学领域十项进展、2020年度“中国生命科学十大进展”。除此之外，相关研究亦与我国其他抗疫成果一起集体入选“2020年度中国科学十大进展”。
3、揭示了沃尔巴氏菌(Wolbachia)感染蚊虫过程中诱导胞质不相容性CI(cytoplasmic incompatibility)的发生和拯救现象的普适分子机制，证实其符合毒素－抗毒素模型（TA model），基本结束了领域里关于CI模型的长期争论（PNAS, 2021）；通过人工设计CI因子并调控它们间的相互作用，首次实现了人工操纵CI（Nature Communications, 2022）。以上成果对利用沃尔巴氏菌和CI防控蚊媒疾病和农业虫害奠定了基础，并被微生物领域权威期刊（Environmental Microbiology）邀请发表综述性论文（EMI, 2022）。