- 1. 2001，中国科学院百人计划
- 2. 2001，国家杰出青年基金
- 3. 2004，中国科学院优秀研究生导师奖
- 4. 2004，日本明治乳业生命科学优秀奖
- 5. 2006，中国科学院澳大利亚BHP Biliton导师科研奖
- 6. 2006，国家人事部“新世纪百千万人才工程”国家级人选
- 7. 2007，“上海市优秀学科带头人计划（A类）”
- 8. 2008，中国科学院朱李月华优秀导师奖
- 9. 2009，“上海市自然科学奖”二等奖（第三）“
- 10. 2009，“2009药明康德生命化学研究奖”二等奖
- 11. 2010，2010年度国务院政府特殊津贴
- 12. 2013，中华全国归国华侨联合会、国务院侨务办公室“全国归侨侨眷先进个人”
- 13. 2015，A-IMBN Arthur Kornberg Memorial Lecture Award
- 14. 2015，“2015年第十批上海市领军人才培养计划”