许琛琦从2009年度开始建立独立课题组研究T细胞生物学。一方面，许琛琦对T细胞表面受体的活化机制做了系统的研究，提出了“膜脂及钙离子静电调控”的新理论。另一方面，许琛琦从胆固醇代谢方面提出了肿瘤免疫治疗新理论和策略，他也发展了一种可以提高细胞的抗肿瘤功能新型CAR-T治疗技术。代表性论文包括Cell 2020, Nature 2018，Nature 2016，Nature 2013等，两项成果入选2016年度中国科学十大进展及以及2016年度和2020年度中国生命科学十大进展，其发明专利已成功进入转化