围绕豆科植物-根瘤菌共生固氮，丛枝菌根真菌共生开展研究，获得成果如下：建立以脂肪酸为核心的丛枝菌根共生营养交换与调控的理论框架（Science 2017; Plant Cell 2014; Molecular Plant 2018）；揭示菌根共生“自我调节”的分子基础(Cell 2021; Plant Cell 2022)；发现菌根因子受体及其复合物，阐述菌根因子信号转导途径（Cell Research 2014; Plant Journal 2015; Nature Communications 2016; Molecular Plant 2019; PNAS 2021）；发现豆科植物根瘤形成和演化的分子基础（Nature 2021；JIPB 2022）; 揭示根际微生物组装的规律和机制（Science Bulletin 2020; Molecular Plant 2021）。