课题组长
姓名:
Yuu Kimata助理教授 研究员 博士生导师, PhD, 助理教授
职务:
所在院所:
生命科学与技术学院
荣誉称号:
教育经历:
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1994/09—1999/08,日本京都大学,学士
-
1999/09—2004/08,日本京都大学,博士
博士后及工作经历:
- 2004/09—2009/08,英国玛丽居里研究院,博士后
- 2009/09—2011/08,英国剑桥大学,博士后
- 2011/09—2018/07,英国剑桥大学,组长/ 研究员
- 2018/07—至今,上海科技大学,生命科学与技术学院,助理教授(TENURE-TRACK)
课题组简介
研究方向:
细胞增殖控制及其在命运决定和癌症中的作用
研究内容:
在多细胞生物中,细胞周期不仅决定细胞是否分裂,更深刻地影响细胞命运、组织形成与长期稳态。尽管调控细胞周期的核心分子机制在真核生物中高度保守,但在发育和组织环境中,这些经典的细胞周期调控因子如何与分化、命运决定以及代谢重塑相互整合,仍然是生命科学中的一个核心未解问题。 本实验室致力于研究细胞周期调控与细胞命运决定之间的分子整合机制,重点关注传统细胞周期调控因子(cell cycle regulators, CCRs)在发育与稳态过程中的非经典功能,以及细胞从增殖状态退出(cell cycle exit)的分子基础。我们的研究结合遗传学、定量成像、生化分析与多组学方法,系统性地探索细胞周期如何被重新部署以塑造细胞命运。 在果蝇模型中,我们利用其高度可控的遗传与发育体系,研究细胞周期因子在发育过程中的功能重编程。我们的研究表明,多个经典细胞周期调控因子(包括 CDKs 和 APC/C)不仅参与细胞周期推进,还直接调控信号转导与转录程序,从而影响神经发生与感光细胞分化。近期工作揭示了 CDK1 与 MAPK 信号通路协同作用、通过调控转录因子磷酸化来决定细胞命运的机制。此外,我们在果蝇脑中鉴定了转录因子 Krüppel 作为特定神经祖细胞永久性细胞周期退出的决定因子,阐明了内在发育程序与全身性激素信号如何共同塑造终末分化与神经发生终止。 在人体细胞体系中,我们聚焦于**可逆性细胞周期退出(静息态 G0)**的分子决定机制。通过建立同步化实验系统,我们发现细胞是否进入 G0 的关键决定发生在有丝分裂阶段,而非传统认为的 G1 期。进一步研究揭示了 G0 承诺伴随着特异性的转录、代谢及 DNA 复制许可状态重塑。同时,我们发现 CDK4/6 在有丝分裂期具有维持纺锤体组装检查点稳定性的非经典功能,这一发现拓展了 CDK4/6 在 G1/S 调控之外的生物学意义,也为理解其临床抑制剂的作用机制提供了新的视角。 总体而言,本实验室的目标是阐明细胞周期退出(可逆与不可逆)背后的分子逻辑,并揭示经典细胞周期调控因子如何被重新利用,以协调增殖控制、信号转导、转录调控与代谢状态。通过整合果蝇与人类细胞模型,我们旨在提炼细胞周期调控在多细胞生物中的通用原理,并为理解发育异常、再生能力衰退以及疾病相关的细胞状态转变提供理论基础。 我们诚挚欢迎对基础生命科学研究充满热情、具有独立思考能力的学生加入实验室。如需了解更多研究内容与成员信息,欢迎访问实验室主页:http://www.kimatalab.com/。
研究成果展示
近年来,我们的研究揭示了传统细胞周期调控因子在多细胞生物发育中的一系列非经典功能,拓展了其在增殖控制之外的生物学意义。 我们首先发现,后期促进复合物/细胞周期体(Anaphase Promoting Complex/Cyclosome, APC/C)不仅是细胞周期进程中的核心泛素连接酶,同时也直接参与发育信号通路的调控。在果蝇视网膜发育过程中,APC/C 通过调控 Nek2 激酶的稳定性,抑制 Wnt 信号通路,从而将细胞周期退出与感光细胞分化过程相耦联(Martins et al., 2017, Developmental Cell)。此外,我们还发现 APC/C 在神经干细胞的不对称分裂中,通过控制中心体蛋白的降解来调节中心体活性与不对称性,从而影响干细胞自我更新与分化的平衡(Meghini et al., 2016, Nature Communications;Gambarotto et al., 2019, Developmental Cell)。这些研究奠定了 APC/C 作为连接细胞周期调控与细胞命运决定的关键分子这一概念。 在此基础上,我们进一步将研究范围从 APC/C 扩展至其他保守的细胞周期调控因子(cell cycle regulators, CCRs),系统性地探索它们在发育过程中的功能重编程。通过在果蝇眼盘中的遗传筛选,我们发现多种经典 CCRs 在细胞分化过程中发挥重要作用。以 CDK1 为例,我们揭示了其在驱动有丝分裂之外,还可与 EGFR–MAPK 信号通路协同作用,通过磷酸化 ETS 转录因子来调控光感受器细胞命运的决定。这一发现将 CDK1 重新定义为连接细胞周期控制与信号转导、转录调控的整合因子。 围绕细胞周期退出这一基础但长期未被充分理解的问题,我们开展了两条互补的研究方向。在果蝇神经系统中,我们鉴定了转录因子 Krüppel(Kr)作为蘑菇体神经母细胞永久性细胞周期退出的决定因子。Kr 通过调控 RNA 结合蛋白 Imp 及其相关的发育通路,限制神经母细胞的增殖时间窗口,从而终止成体阶段的神经发生。这一工作揭示了谱系特异性的转录调控程序如何与细胞周期控制相结合,以确保不可逆的细胞周期退出。 在人体细胞体系中,我们建立了同步化实验平台,研究可逆性的细胞周期退出(静息态 G0)。我们发现,细胞是否进入 G0 的关键决定发生在有丝分裂阶段,而非传统认为的 G1 期,并伴随着转录、代谢及 DNA 复制许可状态的系统性重塑。与此同时,我们还发现 CDK4/6 在有丝分裂过程中具有维持纺锤体组装检查点稳定性的非经典功能,这一发现拓展了 CDK4/6 在 G1/S 转换之外的作用框架,并为理解其临床抑制剂的生物学效应提供了新的理论基础。 总体而言,这些研究共同表明,经典的细胞周期调控因子在多细胞生物中被重新部署,用以协调细胞增殖、分化与细胞命运决定。我们的工作为理解发育、组织稳态以及疾病相关的细胞状态转变提供了新的分子视角。 我们长期与多位国际科研工作者保持紧密合作,包括 David Glover(加州理工学院)、Hiroyuki Yamano(伦敦大学学院)、Renata Basto(居里研究所)、Andrea Brand 与 Marc de la Roche(剑桥大学)以及 Takashi Ochi(利兹大学)。通过跨学科与跨体系的合作,我们共同探索细胞增殖与分化之间的协调机制,并推动基础发现向医学与技术创新方向延伸。
代表性论文(*第一作者,#通讯作者)
- 1. Dongni Shao ChenJin ManXian ShuHaoer ShiXue XiaYusanjiang AbulaYuu Kimata.Krüppel Regulates Cell Cycle Exit and Limits Adult Neurogenesis of Mushroom Body Neural Progenitors in Drosophila.eLife. 9 May 2025.
- 2. Torcato Martins*; Yuu Kimita.Mitotic Signaling in Progenitor Cells: Integrating Cell Division with Cell Specification.CURRENT OPINION IN CELL BIOLOGY. 27 May 2025. 95:102542.
- 3. Meghini, Francesco*; Martins, Torcato; Zhang, Qian; Loyer, Nicolas; Trickey, Michelle; Abula, Yusanjiang; Yamano, Hiroyuki; Januschke, Jens; Kimata, Yuu.APC/C-dependent degradation of Spd2 regulates centrosome asymmetry in Drosophila neural stem cells.EMBO REPORTS;. 2023. 24(4).
- 4. Kimata, Yuu*; Leturcq, Maite; Aradhya, Rajaguru.Emerging roles of metazoan cell cycle regulators as coordinators of the cell cycle and differentiation.FEBS LETTERS. Jul 2020. 594(13):2061-2083.
- 5. Ochi, Takashi*; Quarantotti, Valentina; Lin, Huawen; Jullien, Jerome; Rosa e Silva, Ivan; Boselli, Francesco; Barnabas, Deepak D.; Johnson, Christopher M.; McLaughlin, Stephen H.; Freund, Stefan M., V; Blackford, Andrew N.; Kimata, Yuu; Goldstein, Raymond E.; Jackson, Stephen P.; Blundell, Tom L.; Dutcher, Susan K.; Gergely, Fanni; van Breugel, Mark.CCDC61/VFL3 Is a Paralog of SAS6 and Promotes Ciliary Functions.STRUCTURE. 02 Jun 2020. 28(6):674-+.
- 6. Kimata, Yuu*.APC/C Ubiquitin Ligase: Coupling Cellular Differentiation to G1/G0 phase in Multicellular Systems.TRENDS IN CELL BIOLOGY. Jul 2019. 29(7):591-603.
- 7. Gambarotto, Davide*; Pennetier, Carole; Ryniawec, John M.; Buster, Daniel W.; Gogendeau, Delphine; Goupil, Alix; Nano, Maddalena; Simon, Anthony; Blanc, Damien; Racine, Victor; Kimata, Yuu; Rogers, Gregory C.; Basto, Renata.Plk4 Regulates Centriole Asymmetry and Spindle Orientation in Neural Stem Cells.DEVELOPMENTAL CELL. Jul 2019. 50(1):11-+.
- 8. Martins, Torcato*; Meghini, Francesco; Florio, Francesca; Kimata, Yuu.The APC/C Coordinates Retinal Differentiation with G1 Arrest through the Nek2-Dependent Modulation of Wingless Signaling.DEVELOPMENTAL CELL. 2017. 40(1):67-80.
- 9. Meghini, Francesco*; Martins, Torcato; Tait, Xavier; Fujimitsu, Kazuyuki; Yamano, Hiroyuki; Glover, David M.; Kimata, Yuu.Targeting of Fzr/Cdh1 for timely activation of the APC/C at the centrosome during mitotic exit.NATURE COMMUNICATIONS. 2016. 7.
- 10. Haider, Syed*; Lipinszki, Zoltan; Przewloka, Marcin R.; Ladak, Yaseen; D'Avino, Pier Paolo; Kimata, Yuu; Lio, Pietro; Glover, David M..DAPPER: a data-mining resource for protein-protein interactions.BIODATA MINING. 2015. 8.
- 11. Kimata, Yuu*; Kitamura, Kenji; Fenner, Nicola; Yamano, Hiroyuki.Mes1 controls the meiosis I to meiosis II transition by distinctly regulating the anaphase-promoting complex/cyclosome coactivators Fzr1/Mfr1 and Slp1 in fission yeast.MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL. 2011. 22(9):1486-1494.
- 12. Kimata, Yuu*; Baxter, Joanne E.; Fry, Andrew M.; Yamano, Hiroyuki.A Role for the Fizzy/Cdc20 Family of Proteins in Activation of the APC/C Distinct from Substrate Recruitment.MOLECULAR CELL. 2008. 32(4):576-583.
- 13. Kimata, Yuu*; Trickey, Michelle; Izawa, Daisuke; Gannon, Julian; Yamamoto, Masayuki; Yamano, Hiroyuki.A mutual inhibition between APC/C and its substrate Mes1 required for meiotic progression in fission yeast.DEVELOPMENTAL CELL. 2008. 14(3):446-454.
- 14. Hayes, Michelle J.*; Kimata, Yuu; Wattam, Samantha L.; Lindon, Catherine; Mao, Guojie; Yamano, Hiroyuki; Fry, Andrew M..Early mitotic degradation of Nek2A depends on Cdc20-indedpenent interaction with the APC/C.NATURE CELL BIOLOGY. 2006. 8(6):607-614.
- 15. Braun, Alexis Leah*; Meghini, Francesco; Villa-Fombuena, Gema; Guermont, Morgane; Fernandez-Martinez, Elisa; Qian, Zhang; Dolores Martin-Bermudo, Maria; Gonzalez-Reyes, Acaimo; Glover, David Moore; Kimata, Yuu.The careful control of Polo kinase by APC/C-Ube2C ensures the intercellular transport of germline centrosomes during Drosophila oogenesis.OPEN BIOLOGY. 30 Jun 2021. 11(6).
- 16. Dogni Shao Chen*; Jin Man; Xian Shu; Haoer Shi; Xue Xia; Yusanjiang Abula*; Yuu Kimata*.Krüppel Regulates Cell Cycle Exit and Limits Adult Neurogenesis of Mushroom Body Neural Progenitors in Drosophila.ELIFE. 09 May 2025. eLife.106732.1(Preprint形式).
- 17. Wang, Fangxia*; Kimata, Yuu.Spotlight Kickstart the cell cycle with a sugar boost: mTOR brake on APC/C-CDH1 triggers a glycolytic pulse.DEVELOPMENTAL CELL. 06 Oct 2025. 60(19):2542-2543.
- 18. Martins, Torcato*; Kimata, Yuu.Mitotic signalling in progenitor cells: Integrating cell division with cell specification.CURRENT OPINION IN CELL BIOLOGY. 01 Aug 2024. 95.
- 19. Wang Fangxia, Kimata Yuu.Kickstart the cell cycle with a sugar boost: mTOR brake on APC/C-CDH1 triggers a glycolytic pulse.Dev Cell . 6 Oct 2025. 60(19):2542-2543.
项目
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1. 国际(地区)合作与交流项目 (RFIS-III),国家自然科学基金 ,项目负责人
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2. 面上项目,家自然科学基金,项目负责人
课题组成员及合影
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姓名:玉散江· 阿布拉
身份:工程师
在组时间:2018/08-至今
邮箱:yusanjiangabl@@shanghaitech.edu.cn
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姓名:满金
身份:博士研究生
在组时间:2020/3-至今
邮箱:manjin@shanghaitech.edu.cn
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姓名:王芳霞
身份:博士研究生
在组时间:2023/03-至今
邮箱:wangfx2022@shanghaitech.edu.cn
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姓名:李洋
身份:博士研究生
在组时间:2023/05-至今
邮箱:liyang2022@shanghaitech.edu.cn
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姓名:陈冬妮
身份:博士研究生
在组时间:2024/03-至今
邮箱:chendn2023@shanghaitech.edu.cn
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姓名:颜子文
身份:硕士研究生
在组时间:2023/03-至今
邮箱:yanzw2023@shanghaitech.edu.cn
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姓名:王稚喻
身份:硕士研究生
在组时间:2025/08-至今
邮箱:wangzhy2024@shanghaitech.edu.cn
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