陈洪涛, PhD助理教授研究员博士生导师

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基因组生物物理与发育编程研究组

课题组长

姓名：

陈洪涛助理教授研究员博士生导师, PhD, 助理教授

职务：

所在院所：

生命科学与技术学院

荣誉称号：

教育经历：

1997—2001，清华大学，学士
2001—2004，清华大学，硕士
2006—2013，纽约大学，博士

博士后及工作经历：

2013—2018，普林斯顿大学Lewis-Sigler研究所，博士后研究员
2018—2020，普林斯顿大学物理系，副研究员 (Associate Research Scholar)
2020—至今，上海科技大学生命科学与技术学院，助理教授 (Assistant Professor, tenure-track)

课题组简介

研究方向：

基因组三维动态、定量生物学和发育编程

研究内容：

我们同时进行大数据驱动和以假说为基础的实验研究，结合基因编辑、高分辨率活体成像和生物物理建模的方法定量阐释基因组三维结构在发育过程中的变化，并着重研究基因转录过程中DNA空间重排的基本规律。我们还尝试利用合成生物学的方法调节基因组三维结构，为疾病治疗和人工干预细胞命运提供新思路。

课题组网站：

研究成果展示

我们研究真核生物基因组三维结构的动态规律，及其与基因表达和发育程序控制的相互关系。

1）通过序列分析和高通量表达谱测量，揭示了顺式作用元件在形态发生和细胞分化中的功能。

2）创建了基于基因编辑的多位点活体标记技术，通过定量体内成像和时间序列建模，揭示了顺式作用元件空间重排和基因转录的协同关系。

3）通过人工调控基因组三维结构的热力学和动力学性质，实现了新的发育表型。

代表性论文（*第一作者，#通讯作者）

1. Chen HT(陈洪涛)*; Gregor T.Using RNA Tags for Multicolor Live Imaging of Chromatin Loci and Transcription in Drosophila Embryos.METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY. 2020.
2. Chen HT(陈洪涛)*; Levo M; Barinov L; Fujioka M; Jaynes J; Gregor T^#.Dynamic interplay between enhancer-promoter topology and gene activity..NATURE GENETICS. 2018.
3. Rister J*; Razzaq A; Boodram P; Desai N; Tsanis C; Chen HT(陈洪涛); Jukam D; Desplan C^#.Single-base pair differences in a shared motif determine differential rhodopsin expression..SCIENCE. 2015.
4. Xu Z*; Chen HT(陈洪涛); Ling J; Yu D; Struffi P; Small SJ^#.Impacts of the ubiquitous factor Zelda on Bicoid-dependent DNA binding and transcription in Drosophila.GENES & DEVELOPMENT. 2014.
5. Chen HT(陈洪涛)*; Xu Z; Mei C; Yu D; Small SJ^#.A system of repressor gradients spatially organizes the boundaries of Bicoid-dependent target genes.CELL. 2012.

专著

专利

项目

奖励

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课题组成员及合影

姓名：程美玲

身份：硕士研究生

在组时间：2021/01-至今

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姓名：付梦琳

身份：硕士研究生

在组时间：2021/01-至今

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姓名：王亦飞

身份：硕士研究生

在组时间：2021/01-至今

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姓名：杨一明

身份：硕士研究生

在组时间：2021/03-至今

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