课题组长
姓名：
陈佳教授 研究员 博士生导师, PhD, 教授
职务：
基因编辑中心主任
所在院所：
生命科学与技术学院
荣誉称号：
教育经历：
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1998/09—2002/06，南开大学，学士
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2002/09—2009/04，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所，博士
博士后及工作经历：
- 2009/07—2014/06，美国国立卫生研究院，博士后
- 2014/11—2019/09，上海科技大学，生命科学与技术学院，助理教授（TENURE-TRACK）
- 2019/10—2024/01，上海科技大学，生命科学与技术学院，副教授（TENURED）
- 2024/02—至今，上海科技大学，生命科学与技术学院，正教授（TENURED）
课题组简介
研究内容：
物种繁衍与基因组的稳定性密切相关，然而在某些生理、病理状态下细胞会激活错误倾向性DNA修复机制，因此DNA修复精确性和错误倾向性之间的平衡对于疾病发生、衰老和进化都具有重要的意义。 基因编辑是利用可设计的核酸结合模块蛋白通过碱基插入、缺失、置换等方式对生物体基因组DNA特定位点进行改造从而达到对目标基因进行编辑的一种基因工程，可广泛应用于生命科学基础研究、生物技术开发、农业技术开发以及医药研发等领域。传统的CRISPR/Cas基因编辑技术虽然具有较高的基因敲除效率，但在执行碱基替换等精准编辑时效率通常较低。近年内，将CRISPR/Cas与核酸修饰酶整合发展出的碱基编辑和导向编辑等新型基因编辑系统，可在基因组实现高效率和高产物纯度的靶向性编辑改造。 我们实验室将深入探索DNA修复在基因编辑、疾病发生以及衰老等过程中所起的作用，开展新型基因编辑系统的构建和应用，以及利用新型基因编辑工具进行疾病治疗，主要集中于以下几个方面：1）研究DNA修复在基因编辑过程中引发突变的分子机制；2）创建具有高精准度的新型基因编辑系统；3）开展人类疾病的基因编辑治疗探索。
研究成果展示
已阐明胞嘧啶脱氨酶APOBEC在CRISPR/Cas9介导的基因编辑过程中产生突变的分子机制，在此研究基础上构建多种新型碱基编辑系统，包括高效增强型Cas9碱基编辑器（eBE）、可在基因组A/T富集区域内开展有效编辑的Cpf1碱基编辑器（dCpf1-BE）、可在G/C富集区域和高甲基化区域内开展高效编辑的普适型Cas9碱基编辑器（hA3A-BE）、仅低水平激活DNA损伤相应同路的碱基编辑器（BEACON）、高效增强型线粒体腺嘌呤碱基编辑器eTALED、高精准变形式RNA腺嘌呤碱基编辑器RtABE。进一步，为克服碱基编辑系统在临床治疗中的脱靶风险，利用胞苷脱氨酶抑制蛋白开发了高精准变形式碱基编辑器（transformer BE, tBE），并利用tBE在国际上首次对β-地中海贫血症开展了碱基编辑临床治疗，目前针对全球β-血红蛋白病患者（中国、老挝、马来西亚、尼日利亚、巴基斯坦）开展临床治疗并已治愈多位国内外患者。相关药物管线CS-101于2024年获得中国国家药品监督管理局IND新药I期临床试验批准，并入选2024欧洲血液学年会（EHA2024）科学进展报告，获评为β-血红蛋白病治疗领域的颠覆性产品。
代表性论文（*第一作者，#通讯作者）
- 1. Li, Guangye*; Chen, Guo*; Yuan, Guo-Hua*; Wei, Jia; Ni, Qingyang; Wu, Jing; Yang, Bei; Yang, Li#; Chen, Jia#.Specific and efficient RNA A-to-I editing through cleavage of an ADAR inhibitor.Nature Biotechnology. 26 March 2025.
- 2. Fan, Yuhang*; Xu, Wenchao*; Gao, Bao-Qing*; Qin, Huichao; Wu, Xiaoyi; Wei, Jia; Ni, Qingyang; Zhou, Lina; Xiang, Jiangchao; Wu, Jing; Yang, Bei; Yang, Li; Chen, Jia#;#.Leveraging base excision repair for efficient adenine base editing of mitochondrial DNA.Nature Biotechnology. 25 March 2025.
- 3. Chen, Qimingxing*; Chang, Yan*; He, Xiaoyan; Ding, Yan; Wang, Runyuan; Luo, Ran; Yuan, Jialu; Chen, Jiabei; Zhong, Guisheng; Yang, Huiying; Chen, Jia#; Li, Jianfeng#.Targeted Delivery of mRNA with Polymer-Lipid Nanoparticles for In Vivo Base Editing.ACS Nano. 4 Mar 2025.
- 4. Han, Wenyan*; Qiu, Hou-Yuan*; Sun, Shangwu*; Fu, Zhi-Can*; Wang, Guo-Quan*; Qian, Xiaowen*; Wang, Lijie; Zhai, Xiaowen; Wei, Jia; Wang, Yichuan; Guo, Yi-Lin; Cao, Guo-Hua; Ji, Rui-Jin; Zhang, Yi-Zhou; Ma, Hongxia; Wang, Hongsheng; Zhao, Mingli; Wu, Jing; Bi, Lili; Chen, Qiu-Bing; Li, Zifeng; Yu, Ling; Mou, Xiaodun; Yin, Hao; Yang, Li#; Chen, Jia#; Yang, Bei#; Zhang, Ying#; .Base editing of the HBG promoter induces potent fetal hemoglobin expression with no detectable off-target mutations in human HSCs.CELL STEM CELL. Nov 2023.
- 5. Kim, Jin-Soo#*; Chen, Jia#*; .Base editing of organellar DNA with programmable deaminases.NATURE REVIEWS MOLECULAR CELL BIOLOGY. 01 Oct 2023.
- 6. Han, Wenyan*; Gao, Bao-Qing*; Zhu, Junjie*; He, Zongxing*; Li, Jianfeng#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Design and application of the transformer base editor in mammalian cells and mice.NATURE PROTOCOLS. 04 Oct 2023.
- 7. Zhao, Wenwen*; Li, Jifang*; Wang, Xiao*; Xu, Wei*; Gao, Bao-Qing*; Xiang, Jiangchao; Hou, Yaofeng; Liu, Wei; Wu, Jing; Qi, Qilian; Wei, Jia; Yang, Xiaoyu; Lu, Lu#; Yang, Li#; Chen, Jia#; Yang, Bei#; .Prime editor-mediated functional reshaping of ACE2 prevents the entry of multiple human coronaviruses, including SARS-CoV-2 variants.MEDCOMM. 2023.
- 8. Li, Xiaosa#*; Zhou, Lina*; Gao, Bao-Qing*; Li, Guangye; Wang, Xiao; Wang, Ying; Wei, Jia; Han, Wenyan; Wang, Zixian; Li, Jifang; Gao, Runze; Zhu, Junjie; Xu, Wenchao; Wu, Jing; Yang, Bei; Sun, Xiaodong#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Highly efficient prime editing by introducing same-sense mutations in pegRNA or stabilizing its structure.NATURE COMMUNICATIONS. 29 Mar 2022. 13(1):1669.
- 9. Gao, Runze*; Fu, Zhi-Can*; Li, Xiangyang*; Wang, Ying*; Wei, Jia; Li, Guangye; Wang, Lijie; Wu, Jing; Huang, Xingxu#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Genomic and Transcriptomic Analyses of Prime Editing Guide RNA-Independent Off-Target Effects by Prime Editors.CRISPR JOURNAL. Apr 2022. 5(2):276-293.
- 10. Li, Guanglei*; Li, Xiangyang*; Zhuang, Songkuan*; Wang, Liren*; Zhu, Yifan*; Chen, Yangcan*; Sun, Wen*; Wu, Zeguang*; Zhou, Zhuo; Chen, Jia#; Huang, Xingxu#; Wang, Jin#; Li, Dali#; Li, Wei#; Wang, Haoyi#; Wei, Wensheng#*; .Gene editing and its applications in biomedicine.SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES. Apr 2022. 65(4):660-700.
- 11. Yang, Li#*; Chen, Jia#; .A Tale of Two Moieties: Rapidly Evolving CRISPR/Cas-Based Genome Editing.TRENDS IN BIOCHEMICAL SCIENCES. Oct 2020. 45(10):874-888.
- 12. Wang, Lijie*; Xue, Wei*; Zhang, Hongxia*; Gao, Runze*; Qiu, Houyuan*; Wei, Jia; Zhou, Lina; Lei, Yun-Ni; Wu, Xiaocheng; Li, Xiao; Liu, Chengfang; Wu, Jing; Chen, Qiubing; Ma, Hanhui; Huang, Xingxu; Cai, Cheguo; Zhang, Ying; Yang, Bei#; Yin, Hao#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Eliminating base-editor-induced genome-wide and transcriptome-wide off-target mutations.NATURE CELL BIOLOGY. May 2021. 23(5):552-563.
- 13. Wang, Xiao*; Ding, Chengfeng*; Yu, Wenxia*; Wang, Ying*; He, Siting*; Yang, Bei*; Xiong, Yi-Chun; Wei, Jia; Li, Jifang; Liang, Jiayi; Lu, Zongyang; Zhu, Wei; Wu, Jing; Zhou, Zhi; Huang, Xingxu; Liu, Zhen#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Cas12a Base Editors Induce Efficient and Specific Editing with Low DNA Damage Response.CELL REPORTS. 02 Jun 2020. 31(9).
- 14. Yang, Li#*; Yang, Bei#; Chen, Jia#; .One Prime for All Editing.CELL. Dec 2019. 179(7):1448-1450.
- 15. Wang, Ying*; Gao, Runze*; Wu, Jing*; Xiong, Yi-Chun; Wei, Jia; Zhang, Sipin; Yang, Bei; Chen, Jia#; Yang, Li#; .Comparison of cytosine base editors and development of the BEable-GPS database for targeting pathogenic SNVs.GENOME BIOLOGY. Oct 2019. 20(1).
- 16. Chen, Jia#*; Yang, Bei#; Yang, Li#; .To BE or not to BE, that is the question.NATURE BIOTECHNOLOGY. May 2019. 37(5):520-521.
- 17. Yang, Bei#*; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Development and Application of Base Editors.CRISPR JOURNAL. Apr 2019. 2(2):91-104.
- 18. Li, Jianan*; Liu, Zhen*; Huang, Shisheng*; Wang, Xiao; Li, Guanglei; Xu, Yuting; Yu, Wenxia; Chen, Shanshan; Zhang, Yu; Ma, Hanhui; Ke, Zunfu; Chen, Jia#; Sun, Qiang#; Huang, Xingxu#; .Efficient base editing in G/C-rich regions to model androgen insensitivity syndrome.CELL RESEARCH. Feb 2019. 29(2):174-176.
- 19. Wang, Xiao*; Li, Jianan*; Wang, Ying*; Yang, Bei*; Wei, Jia*; Wu, Jing; Wang, Ruixuan; Huang, Xingxu#; Chen, Jia#; Yang, Li#; .Efficient base editing in methylated regions with a human APOBEC3A-Cas9 fusion.NATURE BIOTECHNOLOGY. Oct 2018. 36(10):946-949.
- 20. Li, Xiaosa*; Wang, Ying*; Liu, Yajing*; Yang, Bei*; Wang, Xiao; Wei, Jia; Lu, Zongyang; Zhang, Yuxi; Wu, Jing; Huang, Xingxu#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Base editing with a Cpf1-cytidine deaminase fusion.NATURE BIOTECHNOLOGY. Apr 2018. 36(4):324-327.
- 21. Lei, Liqun*; Chen, Hongquan*; Xue, Wei*; Yang, Bei*; Hu, Bian*; Wei, Jia; Wang, Lijie; Cui, Yiqiang; Li, Wei; Wang, Jianying; Yan, Lei; Shang, Wanjing; Gao, Jimin; Sha, Jiahao; Zhuang, Min; Huang, Xingxu; Shen, Bin#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .APOBEC3 induces mutations during repair of CRISPR-Cas9-generated DNA breaks.NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY. Jan 2018. 25(1):45-52.
- 22. Wang, Lijie*; Xue, Wei*; Yan, Lei*; Li, Xiaosa; Wei, Jia; Chen, Miaomiao; Wu, Jing; Yang, Bei#; Yang, Li#; Chen, Jia#; .Enhanced base editing by co-expression of free uracil DNA glycosylase inhibitor.CELL RESEARCH. Oct 2017. 27(10):1289-1292.
- 23. Yang, Bei#*; Li, Xiaosa; Lei, Liqun; Chen, Jia#; .APOBEC: From mutator to editor.JOURNAL OF GENETICS AND GENOMICS. Sep 2017. 44(9):423-437.
- 24. Chen, Jia*; Miller, Brendan F.; Furano, Anthony V.#; .Repair of naturally occurring mismatches can induce mutations in flanking DNA.ELIFE. 2014. 3.
- 25. Hu, Guang-Jing*; Chen, Jia*; Zhao, Xiao-Nan*; Xu, Jia-Jia; Guo, Dong-Qing; Lu, Ming; Zhu, Ming; Xiong, Ying; Li, Qin; Chang, Catherine C. Y.; Song, Bao-Liang; Chang, Ta-Yuan; Li, Bo-Liang#; .Production of ACAT1 56-kDa isoform in human cells via trans-splicing involving the ampicillin resistance gene.CELL RESEARCH. 2013. 23(8):1007-1024.
- 26. Chen, Jia*; Zhao, Xiao-Nan*; Yang, Li; Hu, Guang-Jing; Lu, Ming; Xiong, Ying; Yang, Xin-Ying; Chang, Catherine C. Y.; Song, Bao-Liang; Chang, Ta-Yuan; Li, Bo-Liang#; .RNA secondary structures located in the interchromosomal region of human ACAT1 chimeric mRNA are required to produce the 56-kDa isoform.CELL RESEARCH. 2008. 18(9):921-936.
奖励
- 1. 2016年，上海市浦江人才
- 2. 2016年，上海科技大学产业实践优秀指导教师
- 3. 2017年，上海科技大学书院“我最喜爱的导师”
- 4. 2018年，国家自然科学基金优秀青年科学基金
- 5. 2018年，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心青年骨干
- 6. 2018年，上海科技大学社会实践优秀指导教师
- 7. 2019年，上海市生物化学与分子生物学会“青年新锐”奖
- 8. 2019年，中国生物化学与分子生物学会基因专业分会委员
- 9. 2019年，中国遗传学会基因组编辑专业分会委员
- 10. 2019年，中国医药生物技术协会基因编辑技术分会委员
- 11. 2019年，上海市生物化学与分子生物学会常务理事
- 12. 2019年，上海科技大学第二届创新创业大会创业组三等奖
- 13. 2020年，中国生物工程学会动物生物技术专业委员会委员
- 14. 2021年，张江国家自主创新示范区杰出创新创业人才
- 15. 2021年，上海市细胞生物学会理事
- 16. 2023年，上海市优秀学术/技术带头人
- 17. 2023年，上海市遗传学会理事
- 18. 2024年，上海市东方英才计划领军项目
- 19. 2024年，教育部长江学者特聘教授
课题组成员及合影
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姓名：吴晶
身份：高级工程师
在组时间：2015/01-至今
邮箱：wujing@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：项江超
身份：博士后
在组时间：2022/07-至今
邮箱：xiangjch@shanghaitech.edu.cn
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姓名：雷丽群
身份：博士研究生
在组时间：2014/09-2019/08
邮箱：Leilq@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：李潇飒
身份：博士研究生
在组时间：2014/09-2019/08
邮箱：lixs@shanghaitech.edu.cn
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姓名：王丽洁
身份：博士研究生
在组时间：2015/07-2020/12
邮箱：wanglj1@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：王潇
身份：博士研究生
在组时间：2016/09-2021/12
邮箱：wangxiao4@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：高润泽
身份：博士研究生
在组时间：2016/09-2021/12
邮箱：gaorz@@shanghiatech.edu.cn
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姓名：韩炆艳
身份：博士研究生
在组时间：2017/09-2024/01
邮箱：hanwy@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：丁诚峰
身份：博士研究生
在组时间：2017/09-2024/01
邮箱：dingchf@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：周丽娜
身份：博士研究生
在组时间：2018/09-2025/01
邮箱：zhouln@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：李吉方
身份：博士研究生
在组时间：2018/09-2025/03
邮箱：lijf@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：李光业
身份：博士研究生
在组时间：2019/09-至今
邮箱：ligy@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：刘成芳
身份：博士研究生
在组时间：2019/09-至今
邮箱：liuchf@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：赵明丽
身份：硕士研究生
在组时间：2020/09-2023/07
邮箱：zhaoml@shanghaitech.edu.cn
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姓名：许文超
身份：博士研究生
在组时间：2020/09-至今
邮箱：xuwc@shanghaitech.edu.cn
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姓名：朱俊杰
身份：博士研究生
在组时间：2020/09-至今
邮箱：zhujj@shanghaitech.edu.cn
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姓名：陈果
身份：博士研究生
在组时间：2021/09-至今
邮箱：chenguo@shanghaitech.edu.cn
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姓名：闵智博
身份：硕士研究生
在组时间：2021/09-2024/07
邮箱：minzb@shanghaitech.edu.cn
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姓名：樊煜航
身份：博士研究生
在组时间：2021/11-至今
邮箱：fanyh@shanghaitech.edu.cn
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姓名：丁琳
身份：博士研究生
在组时间：2022/09-至今
邮箱：dinglin2022@shanghaitech.edu.cn
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姓名：程思凡
身份：博士研究生
在组时间：2022/09-至今
邮箱：chengsf2022@shanghaitech.edu.cn
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姓名：秦慧超
身份：硕士研究生
在组时间：2022/09-至今
邮箱：qinhuich2022@shanghaitech.edu.cn
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姓名：伍小艺
身份：硕士研究生
在组时间：2023/09-至今
邮箱：wuxy2023@shanghaitech.edu.cn
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姓名：哈布尔
身份：硕士研究生
在组时间：2023/09-至今
邮箱：habe2023@shanghaitech.edu.cn
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姓名：刘诚宇
身份：硕士研究生
在组时间：2024/07-至今
邮箱：liuchy2024@shanghaitech.edu.cn
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姓名：邵颖
身份：硕士研究生
在组时间：2024/09-至今
邮箱：shaoying2024@shanghaitech.edu.cn
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姓名：陈苗苗
身份：本科生
在组时间：2016/10-2017/09；2018/09-2019/08
邮箱：chenmm@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：张聿茜
身份：本科生
在组时间：2016/12-2017/09
邮箱：zhangyq@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：王瑞璇
身份：本科生
在组时间：2017/09-2018/08
邮箱：wangrx@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：朱威
身份：本科生
在组时间：2018/03-2019/02
邮箱：zhuwei@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：王梓先
身份：本科生
在组时间：2018/09-2021/05
邮箱：wangzx1@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：刘百川
身份：本科生
在组时间：2019/08-2021/05
邮箱：liubch@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：王佑恒
身份：本科生
在组时间：2020/09-2023/05
邮箱：wangyh6@shanghaitech.edu.cn
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姓名：李潇飒
身份：访问学者
在组时间：2019/09-2021/12
邮箱：lixs@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：刘舒
身份：访问学生
在组时间：2019/09-2020/01
邮箱：liu970105@@163.com
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