中文信息

基因转录调控研究组

课题组长

姓名：

董瑞助理教授研究员博士生导师, PhD, 助理教授

职务：

所在院所：

生命科学与技术学院

荣誉称号：

教育经历：

2007/09—2011/07，山东大学，学士
2012/08—2017/08，中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所，博士

博士后及工作经历：

2017/08—2018/08，中国科学院上海营养与健康研究所，研究助理
2018/08—2020/08，哈佛大学医学院丹娜法伯癌症研究院，博士后
2020/08—2024/02，哈佛大学医学院麻省总医院，博士后
2024/02—至今，上海科技大学，生命科学与技术学院，助理教授

课题组简介

研究方向：

计算生物学、基因转录调控

研究内容：

在肿瘤细胞中，基因突变会影响到转录因子、转录介质等调控基因表达的关键因素，从而破坏正常的基因调控网络，使得一些正常细胞生长调控失控，导致肿瘤细胞的无限增殖、侵袭和转移。了解肿瘤细胞的特殊转录调控机制可以发现潜在的治疗靶点，并开发针对性的抗癌治疗方法。我们实验室针对肿瘤中基因表达的关键问题开展计算生物学研究，解析肿瘤中特殊转录因子及细胞亚群水平基因表达调控机制，主要集中在以下几个方面：1、肿瘤中特殊转录因子介导的促肿瘤发生机制；2、基因组重复序列及肿瘤发生的关系；3、肿瘤细胞亚群及空间转录水平的基因表达调控研究。

课题组网站：

研究成果展示

代表性论文（*第一作者，#通讯作者）

1. Xing Yu-Hang*; Dong Rui*; Lee Lukuo; Rengarajan Shruthi; Riggi Nicolò; Boulay Gaylor; Rivera N. Miguel^#; .DisP-seq reveals the genome-wide functional organization of DNA-associated disordered proteins.NATURE BIOTECHNOLOGY. Apr 2023.
2. Sanalkumar Rajendran*; Dong Rui*; Lee Lukuo; Xing Yu-Hang; Iyer Sowmya; Letovanec Igor; La Rosa Stefano; Finzi Giovanna; Musolino Elettra; Papait Roberto; Chebib Ivan; Nielsen G. Petur; Renella Raffaele; M. Cote Gregory; Choy Edwin; Aryee Martin; Stegmaier Kimberly; Stamenkovic Ivan; Rivera N. Miguel^#; Riggi Nicolò^#; .Highly connected 3D chromatin networks established by an oncogenic fusion protein shape tumor cell identity.SCIENCE ADVANCES. Mar 2023.
3. Dong Rui*; Yuan Guo-Cheng^#; .SpatialDWLS: accurate deconvolution of spatial transcriptomic data.GENOME BIOLOGY. 2021.
4. Dong Rui*; Yuan Guo-Cheng^#; .GiniClust3: a fast and memory-efficient tool for rare cell type identification.BMC BIOINFORMATICS. 2020.
5. Möller Emely*; Praz Viviane; Rajendran Sanalkumar; Dong Rui; Cauderay Alexandra; Xing Yu-Hang; Lee Lukuo; Fusco Carlo; Broye C. Liliane; Cironi Luisa; Iyer Sowmya; Rengarajan Shruthi; Awad E. Mary; Naigles Beverly; Letovanec Igor; Ormas Nicola; Finzi Giovanna; La Rosa Stefano; Sessa Fausto; Chebib Ivan; Nielsen G. Petur; Digklia Antonia; Spentzos Dimitrios; Cote M. Gregory; Choy Edwin; Aryee Martin; Stamenkovic Ivan; Boulay Gaylor; Rivera N. Miguel; Riggi Nicolò^#; .EWSR1-ATF1 dependent 3D connectivity regulates oncogenic and differentiation programs in Clear Cell Sarcoma.NATURE COMMUNICATIONS. Apr 2022.
6. Yasuhara Takaaki*; Xing Yu-Hang; Bauer C Nicholas; Lee Lukuo; Dong Rui; Yadav Tribhuwan; Soberman J Roy; Rivera N Miguel; Zou Lee^#; .Condensates induced by transcription inhibition localize active chromatin to nucleoli.MOLECULAR CELL. Aug 2022.
7. Dries Ruben^#*; Zhu Qian; Dong Rui; Eng Chee-Huat Linus; Li Hupeng; Liu Kan*; Fu Yuntian; Zhao Tianxiao; Sarkar Arpan; Bao Feng; George E. Rani; Pierson Nico; Cai Long; Yuan Guo-Cheng^#; .Giotto: a toolbox for integrative analysis and visualization of spatial expression data.GENOME BIOLOGY. Mar 2021.
8. Akerberg N. Brynn*; Gu Fei; VanDusen J. Nathan; Zhang Xiaoran; Dong Rui; Li Kai*; Zhang Bing; Zhou Bin; Sethi Isha; Ma Qing; Wasson Lauren; Wen Tong; Liu Jinhua; Dong Kunzhe; Conlon L. Frank; Zhou Jiliang; Yuan Guo-Cheng; Zhou Pingzhu; Pu T. William^#; .A reference map of murine cardiac transcription factor chromatin occupancy identifies dynamic and conserved enhancers.NATURE COMMUNICATIONS. Oct 2019.
9. Tsoucas Daphne^#*; Dong Rui; Chen Haide; Zhu Qian; Guo Guoji; Yuan Guo-Cheng^#; .Accurate estimation of cell-type composition from gene expression data.NATURE COMMUNICATIONS. Jul 2019.

专著

专利

项目

奖励

加入我们

课题组成员及合影

姓名：邓玉颖

身份：硕士研究生

在组时间：2024/03-至今

邮箱：dengyy2023@@shanghaitech.edu.cn
姓名：陈小艺

身份：硕士研究生

在组时间：2024/03-至今

邮箱：chenxy2023@@shanghaitech.edu.cn
姓名：李铮

身份：硕士研究生

在组时间：2024/03-至今

邮箱：lizheng@@shanghaitech.edu.cn