课题组长
姓名:
李洪杰助理教授 研究员 博士生导师, PhD, 助理教授
职务:
所在院所:
生命科学与技术学院&大科学中心
荣誉称号:
教育经历:
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2011/09—2015/07,吉林大学,学士
-
2016/04—2021/06,日本兵库县立大学,博士
博士后及工作经历:
- 2021/07—2024/07,日本冈山大学,博士后
- 2024/07—至今,上海科技大学,助理教授 (Tenure-Track)
课题组简介
研究方向:
时间分辨串行飞秒晶体学(TR-SFX),蛋白质动态结构,分子电影
研究内容:
光是生命最重要的信息来源之一,也是研究蛋白质动态过程的天然探针。我们的研究致力于在原子分辨率下解析光如何驱动蛋白质运动,并揭示光信号产生与传递的分子机制。 生命活动中的许多关键过程都始于光信号的感知与转换。从微生物到人类,光受体蛋白能够将光能转化为生物信号,参与视觉形成、光合作用、生物钟调控、趋光运动以及细胞信号传导等重要生命活动。然而,光激发后的原子运动如何逐步传递,并最终产生生物学功能,仍然是生命科学领域的重要科学问题。 本课题组围绕光受体蛋白的结构、动态与功能开展研究,以结构生物学为核心,结合时间分辨X射线自由电子激光(XFEL)、冷冻电镜和X射线晶体学等研究手段,解析光受体蛋白在不同功能状态下的三维结构,捕获光激发过程中瞬时中间态,揭示光信号感知、传递与功能调控的分子机制。我们希望突破传统静态结构研究的局限,从动态结构的角度理解生命过程,并为光遗传学、荧光探针和光控生物技术的发展提供理论基础。
目前课题组主要围绕以下三个方向开展研究: 1. 光受体蛋白的结构与信号转导机制 光受体蛋白广泛存在于细菌、植物和动物中,是生命体感知外界光环境的重要分子基础。课题组以微生物视紫红质(Microbial Rhodopsins)、蓝细菌光受体(Cyanobacteriochromes, CBCRs)以及动物视觉相关光受体等为主要研究对象,解析其不同功能状态下的高分辨率结构,阐明光诱导构象变化、颜色调控(Color Tuning)及信号传递的结构基础,揭示不同类型光受体在进化过程中形成多样化功能的分子机制。 2. 时间分辨结构生物学 蛋白质并非静止的分子机器,而是在不断运动中完成其生物学功能。本课题组利用X射线自由电子激光(XFEL)等先进大科学装置,发展时间分辨结构生物学方法,捕获蛋白质在飞秒至毫秒时间尺度上的瞬时结构变化,解析光激发和酶催化过程中的关键中间态,构建蛋白质工作的动态结构图景(Molecular Movies),揭示结构变化与生物学功能之间的因果关系。 3. 光响应蛋白的理性设计与应用 基于对光受体结构和动态机制的理解,课题组进一步开展光响应蛋白的理性设计与功能优化。通过蛋白质工程改造光受体的光谱性质、稳定性及功能特性,探索其在近红外荧光成像、光遗传学以及人工光调控系统等领域的应用,为新型光功能蛋白和生物工具的开发提供结构基础和设计策略。
研究成果展示
1. 在纳秒至毫秒时间尺度上拍摄了光系统 II(PSII)在S1-S2-S3状态转换过程的“分子电影”,阐明了放氧中心OEC裂解水分子的关键机理。(Nature 2024) 2.拍摄了C-C化学键生成的动态过程,揭示了C-H键活化中间态形成的分子机理。(Nature Chemistry 2022)
代表性论文(*第一作者,#通讯作者)
- 1. Jiang, Haowei*; Nakajima, Yoshiki; Akita, Fusamichi; Li, Hongjie; Kato, Koji; Sugiura, Miwa; Shen, Jian-Ren#.Cryo-EM structure of photosystem II D1-V185T mutant from Thermosynechococcus vestitus.Biochimica et Biophysica Acta - Bioenergetics. Nov 2026. 1867(4).
- 2. Li, Hongjie*; Suga, Michihiro; Shen, Jian-Ren#.Comment on Photosystem II: Light-dependent oscillation of ligand composition at its active site: Existence of O6 in S3-state photosystem II revealed by omit maps.Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. Jun 2026. 82:574-586.
- 3. Ziyu Wang, Boxiang Liu, Hongjie Li# and Weimin Liu#.Reply to the ‘Comment on “Mapping photoisomerization dynamics on a three-state model potential energy surface in bacteriorhodopsin using femtosecond stimulated Raman spectroscopy”’ by I. Schapiro, M. Olivucci, K. Heyne and S. Haacke, Chem. Sci., 2025, 16, DOI: 10.1039/D5SC05038C.Chemical Science. Dec 2025.
- 4. Zhang, Wenyue*; Yonehara, Nozomi; Ishii, Mizuki; Jiang, Haowei; La Rocca, Romain; Tsai, Pi-Cheng; Li, Hongjie; Kato, Koji; Akita, Fusamichi#; Shen, Jian-Ren#.Structural analysis of PSI-ACPI and PSII-ACPII supercomplexes from a cryptophyte alga Rhodomonas sp. NIES-2332.FRONTIERS IN PLANT SCIENCE. 27 Nov 2025. 16.
- 5. H. Li*, Y. Nakajima*, E. Nango, S. Owada, D. Yamada, K. Hashimoto, F. Luo, R. Tanaka, F. Akita, K. Kato, J. Kang, Y. Saitoh, S. Kishi, H. Yu, N. Matsubara, H. Fujii, M. Sugahara, M. Suzuki, T. Masuda, T. Kimura, T. N. Thao, S. Yonekura, L.-J. Yu, T. Tosha, K. Tono, Y. Joti, T. Hatsui, M. Yabashi, M. Kubo, S. Iwata, H. Isobe, K. Yamaguchi, M. Suga#, and J.-R. Shen#.Oxygen-evolving photosystem II structures during S1–S2–S3 transitions.Nature. Jan 2024.
- 6. X. Liu*, P. Liu*, H. Li*, Z. Xu*, L. Jia, Y. Xia, M. Yu, W. Tang, X. Zhu, C. Chen, Y. Zhang, E. Nango, R. Tanaka, F. Luo, K. Kato, Y. Nakajima, S. Kishi, H. Yu, N. Matsubara, S. Owada, K. Tono, S. Iwata, L.-J. Yu#, J.-R. Shen#, and J. Wang#.Excited state intermediates in a designer protein encoding a phototrigger caught by XFEL.Nature Chemistry . Jul 2022.
- 7. H. Li*, Y. Nakajima*, T. Nomura, M. Suga#hara, S. Yonekura, S. K. Chan, T. Nakane, T. Yamane, Y. Umena, M. Suzuki, T. Masuda, T. Motomura, H. Naitow, Y. Matsuura, T. Kimura, K. Tono, S. Owada, Y. Joti, R. Tanaka, E. Nango, F. Akita, M. Kubo, S. Iwata, J.-R. Shen#, and M. Suga#.Capturing structural changes of the S1 to S2 transition of photosystem II using time-resolved serial femtosecond crystallography.IUCrJ. May 2021.
- 8. M. Suga*, F. Akita*, K. Yamashita, Y. Nakajima, G. Ueno, H. Li, T. Yamane, K. Hirata, Y. Umena, S. Yonekura, L.-J. Yu, H. Murakami, T. Nomura, T. Kimura, M. Kubo, S. Baba, T. Kumasaka, K. Tono, M. Yabashi, H. Isobe, K. Yamaguchi, M. Yamamoto, H. Ago, and J.-R. Shen#.An oxyl/oxo mechanism for oxygen-oxygen coupling in PSII revealed by an x-ray free-electron laser.Science. Oct 2019.
奖励
- 1. 2025年,2025年上海科技青年35人引领计划提名奖
- 2. 2025年,2024年度国家优秀自费留学生奖学金(B类)
- 3. 2024年,国家高层次海外人才计划青年项目
- 4. 2024年,上海市浦江人才计划
- 5. 2024年,上海市白玉兰人才计划青年人才
- 6. 2024年,日本生物物理学会青年奖(Early Career Award in Biophysics)
- 7. 2024年,IUPAB2024 Student and Early Career Researcher Poster Award
课题组成员及合影
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姓名:李洪杰
身份:研究员
在组时间:2024/07-至今
邮箱:lihj1@shanghaitech.edu.cn
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姓名:王天鑫
身份:博士后
在组时间:2026/07-至今
邮箱:wangtx1@shanghaitech.edu.cn
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姓名:汪秋颖
身份:工程师
在组时间:2025/07-至今
邮箱:wangqy6@shanghaitech.edu.cn
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姓名:罗佳璐
身份:博士研究生
在组时间:2025/01-至今
邮箱:luojl12024@@shanghaitech.edu.cn
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姓名:蔡圣豪
身份:博士研究生
在组时间:2025/01-至今
邮箱:caishh2024@@shanghaitech.edu.cn
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姓名:李杰
身份:博士研究生
在组时间:2025/01-至今
邮箱:lijie2024@shanghaitech.edu.cn
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姓名:吕少鹏
身份:硕士研究生
在组时间:2026/01-至今
邮箱:lvshp2025@shanghaitech.edu.cn
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姓名:徐畅
身份:硕士研究生
在组时间:2026/01-至今
邮箱:xuchang2025@shanghaitech.edu.cn
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姓名:陈如意
身份:硕士研究生
在组时间:2026/01-至今
邮箱:chenry12025@shanghaitech.edu.cn
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姓名:王硕文
身份:本科生
在组时间:2025/03-2026/06
邮箱:wangshw2022@shanghaitech.edu.cn

2025年2月

2025年7月

2026年1月

2026年3月

2026年7月
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