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刘雪松, PhD副教授 研究员 博士生导师

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邮箱: liuxs@@shanghaitech.edu.cn

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肿瘤分子遗传学研究组

课题组长

姓名:

刘雪松副教授 研究员 博士生导师, PhD, 副教授

职务:

所在院所:

生命科学与技术学院

荣誉称号:

教育经历:
  • 1998/09—2002/07,武汉大学,学士
  • 2002/09—2007/07,中国科学院上海生命科学研究院健康科学研究所,博士
博士后及工作经历:
  • 2008/10—2015/05,美国哈佛大学,博士后
  • 2015/06—2022/09,上海科技大学,生命科学与技术学院,助理教授(TENURE-TRACK)
  • 2022/09—至今,上海科技大学,生命科学与技术学院,副教授(TENURED)

课题组简介

研究方向:
大数据人工智能与肿瘤精准诊断治疗
研究内容:

    癌症是复杂系统疾病,包含基因组、转录组、蛋白组等多模态组学数据的整合分析是实现肿瘤精准诊断与治疗的关键。本实验室研究聚焦肿瘤精准分型标志物研发、肿瘤特异性靶点发掘以及靶点特异性抗体或TCR的从头AI设计验证与应用。综合运用多模态整合AI、生成式AI技术,同时结合生化细胞与小鼠模型实验验证,实现“肿瘤分型—靶点发掘—抗体及TCR药物AI设计与验证”的闭环。目前实验室的具体研究内容包括:

1,肿瘤新靶点发掘,以及靶点特异性抗体或TCR药物的从头AI设计与验证。

  挖掘肿瘤多模态组学数据(基因组、转录组、蛋白组、单细胞组学等),寻找肿瘤特异性膜蛋白靶点;基于生成式AI及定向进化AI实现靶点特异性抗体或TCR的从头设计与定向进化;利用高通量筛选实验模型,获得和靶抗原特异结合的抗体或TCR序列;构建抗体及TCR药物,如双特异性T细胞衔接器(BiTE),利用细胞及动物模型验证AI设计大分子药物的肿瘤杀伤效能与安全性。

2,开发多模态组学整合可解释性AI方法,研发肿瘤精准分型策略。

  整合分子组学(基因组、转录组、蛋白组等)与影像组学(H&ECTMRI等)数据,实现肿瘤精准分型。关注难治肿瘤(如粘液腺癌、黏膜恶黑等)的精准分子分型,为难治性肿瘤提供有效的直接指导临床的分型策略。

3,肿瘤基因组DNA拷贝数变异特征模式分析、机制研究, 以及“拷贝数指纹”标志物的优化与应用。

  结合基因组分析、人工智能与体外细胞实验,研究拷贝数变异的特征模式,产生机制。开发便捷的拷贝数指纹实验检测手段,并在肿瘤早筛、监测、免疫治疗以及靶向治疗临床标志物开发中的推广应用。 


研究成果展示

  5年来本实验室在肿瘤大数据分析以及肿瘤精准诊断治疗方向取得一系列原创的、具有临床应用前景的重要发现。结合基因组人工智能(AI)分析检测,提出全新的“拷贝数指纹”标志物,大幅提升了癌症复发预测、化疗及免疫治疗诊断预测的精度,同时降低了检测成本。创新地开发了“肿瘤免疫原性指数”标志物,利用AI开发出肿瘤新抗原免疫原性预测工具。利用AI首次实现对肿瘤代谢依赖性靶点的系统发掘并实验验证。综合多模态组学数据实现肿瘤特异性膜蛋白的系统发掘,研发AI生成靶点或肿瘤新抗原特异性抗体或TCR序列工具,搭建高通量抗体及TCR功能筛选与安全评估实验平台,实际推动肿瘤精准免疫治疗药物研发与验证。实验室的研究工作紧密联系肿瘤临床的实际痛点问题,以第一负责人申报发明专利10项,部分专利的产业化工作正在稳步推进中。实验室负责人编著有国内第一本《癌症生物学》教科书(上海科学技术出版社,约60万字)。近5年在知名学术期刊(如Cancer Res, eLifeBrief BioinformOncogeneCell Reports)发表通讯作者研究论文超过20篇,多篇通讯作者研究论文被ESI标记为“高被引论文”,连续入选20222023年度Elsevier发布的“中国高被引学者”榜单。


《癌症生物学》刘雪松编著,上海科学技术出版社,2024年出版




代表性论文(*第一作者,#通讯作者)

专著

专利

  • 1. 刘雪松; 王诗翔,一种肿瘤免疫生物标志物及其用途,中国,CN201711110798,发明专利
  • 2. 刘雪松; 王诗翔; 何早柯,一种肿瘤免疫治疗的标志物,中国,201811376543.8,发明专利
  • 3. 刘雪松; 王诗翔; 何早柯; 王轩; 李慧敏; 陈玉星,一种简易高效的肿瘤免疫治疗生物标志物及其用途,中国,201910501626.3,发明专利
  • 4. 刘雪松; 王诗翔,一种肿瘤基因组拷贝数变异特征模式识别方法及其应用,中国,CN202011516653.7,发明专利
  • 5. 刘雪松; 陶紫玉; 吴宸旭,一种简洁全面的拷贝数变异模式识别方法及其应用,中国,CN202110834969.9,发明专利
  • 6. 刘雪松; 吴涛,一种肿瘤样本免疫编辑状态定量方法及其应用,中国,202111532372.5,发明专利
  • 7. 刘雪松; 王轩; 吴涛,一种肿瘤新抗原特征分析与免疫原性预测工具及其应用,中国,202210117578.X,发明专利
  • 8. 刘雪松; 赵翔宇,一类适应低氧或缺氧微环境的肿瘤的治疗靶点及其应用,中国,202210004820.2,发明专利
  • 9. 刘雪松;宁伟,一种生物标志物组合及用于判断肿瘤原发部位的系统,中国,202211680337.2,发明专利
  • 10. 刘雪松;要慧子,构建 HRD 预测模型的方法、HRD 预测模型及 CNA 特征的应用,中国,2023103818891,发明专利

项目

奖励

加入我们

课题组成员及合影

  • 姓名:孙晓琴
    身份:工程师
    在组时间:2019/7-至今
    邮箱:sunxq1@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:何早柯
    身份:博士研究生
    在组时间:2016/09-至今
    邮箱:hezk@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:王诗翔
    身份:博士研究生
    在组时间:2017/03-至今
    邮箱:wangshx@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:李慧敏
    身份:硕士研究生
    在组时间:2019/03-至今
    邮箱:lihm@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:王轩
    身份:硕士研究生
    在组时间:2019/03-至今
    邮箱:wangxuan1@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:吴涛
    身份:博士研究生
    在组时间:2019/7-至今
    邮箱:wuato2@@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:陶紫玉
    身份:博士研究生
    在组时间:2020/01-至今
    邮箱:taozy@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:赵翔宇
    身份:博士研究生
    在组时间:2020/01-至今
    邮箱:ZHAOxy2@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:朱堃
    身份:硕士研究生
    在组时间:2020/11-至今
    邮箱:zhukun@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:宁伟
    身份:硕士研究生
    在组时间:2020/09-至今
    邮箱:ningwei@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:王光帅
    身份:硕士研究生
    在组时间:2021/01-至今
    邮箱:wanggsh@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:吴宸旭
    身份:硕士研究生
    在组时间:2021/01-至今
    邮箱:wuchx@shanghaitech.edu.cn
  • 姓名:白东升
    身份:本科生
    在组时间:2020/08-至今
    邮箱:baidsh@shanghaitech.edu.cn



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