课题组长
姓名：
刘艳芬副教授 研究员 博士生导师, PhD, 副教授
职务：
所在院所：
生命科学与技术学院
荣誉称号：
教育经历：
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1998/09—2002/07，浙江大学，学士
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2002/09—2008/06，协和医学院/北京生命科学研究所 (NIBS)，博士
博士后及工作经历：
- 2009/06—2015/01，美国国立卫生研究院，博士后
- 2015/01—2023/09， 上海科技大学，生命科学与技术学院，助理教授
- 2023/10—至今，上海科技大学生命与技术学院，副教授
课题组简介
研究内容：
我们实验室主要关注以下三个方面的研究： 1. 蛋白质质量控制在人类退行性疾病发生发展过程中的作用机制 2. 自噬小体的膜起源机制 3. 泛素依赖的细胞自噬的机制以及包括内质网、线粒体、RNA应激颗粒在内的细胞器降解机理
研究成果展示
1.应激颗粒是一种由RNA和RNA结合蛋白形成的无膜细胞结构，在细胞受到压力的情况下，通过液液相分离存在于细胞质中。应激颗粒的形成与解聚是高度动态变化的过程，其通过调控细胞内蛋白质翻译和RNA加工的动态平衡以促进细胞在不利条件下存活。应激颗粒与神经退行性疾病如肌萎缩性侧索硬化症等密切相关。我们通过筛选存在于应激颗粒中的蛋白质质量控制因子，发现泛素连接酶TRIM21以及自噬相关蛋白SQSTM1和CALCOCO2能够通过调控应激颗粒的聚集和清除，从而维持应激颗粒在氧化压力条件下的动态平衡。相关工作已发表于：
Stress granule homeostasis is modulated by TRIM21-mediated ubiquitination of G3BP1 and autophagy-dependent elimination of stress granules. Autophagy. 2023.19(7):1934-1951. doi: 10.1080/15548627.2022.2164427.
2. 泛素化在细胞自噬的过程中起了非常重要的调控作用。我们通过基于细胞表型的遗传筛选，找到了多个参与自噬的泛素相关蛋白。通过细胞生物学和生物化学等手段，我们对这些泛素连接酶和去泛素化酶的功能进行了分析，找到了他们如何调控自噬的分子机理，相关工作已发表于： Ubiquitin C-terminal hydrolase L1 regulates autophagy by inhibiting autophagosome formation through its deubiquitinating enzyme activity. Biochem Biophys Res Commun. 2018. 497(2):726-733. doi: 10.1016/j.bbrc.2018.02.140. LUBAC and OTULIN regulate autophagy initiation and maturation by mediating the linear ubiquitination and the stabilization of ATG13.26 Jun 2020. Autophagy. 2021. 17(7):1684-1699. doi: 10.1080/15548627.2020.1781393.
3. 内质网是细胞蛋白质折叠和脂类合成的重要场所。内质网的结构并非一成不变，而是不断处于自我重塑的过程。为了寻找重塑的调控机制，我们筛选了相关因子，发现多个泛素连接酶参与内质网的结构建成和重塑。这些泛素连接酶不仅帮助内质网中错误折叠蛋白的降解，同时也参与内质网自身的形态结构。相关工作已经发表于： Lunapark is a component of a ubiquitin ligase complex localized to the endoplasmic reticulum three-way junctions. J. Biol. Chem. 2016. 291(35):18252-18262. doi: 10.1074/jbc.M116.737783. The E3 ubiquitin ligase SYVN1 ubiquitinates Atlastins to remodel the endoplasmic reticulum network. iScience. 2020. 23(9):101494. doi: 10.1016/j.isci.2020.101494. 
代表性论文（*第一作者，#通讯作者）
- 1. Man Zhang*, Zhangshun Wang, Qing Zhao, Qian Yang, Jieyun Bai, Cuiwei Yang, Zai-Rong Zhang, Yanfen Liu#.USP20 deubiquitinates and stabilizes the reticulophagy receptor RETREG1/FAM134B to drive reticulophagy.Autophagy. 12 May 2024.
- 2. Yanfen Liu*, Zhangshun Wang, Yong Cang.Mini PROTACs: N-end rule-mediated degradation on the horizon.Trends in Biochemical Sciences. 2 Nov 2023. S0968-0004(23)00256-6..
- 3. Shuyao Hu#*; Yufeng Zhang; Qianqian Yi; Cuiwei Yang; Yanfen Liu#; Yun Bai#; .Time-resolved proteomic profiling reveals compositional and functional transitions across the stress granule life cycle.NATURE COMMUNICATIONS. 2023. 14(1):7782.
- 4. Wang, Zhangshun*; Zhang, Chen'ang; Fan, Chengyu; Liu, Yanfen#; .Post-translational modifications in stress granule and their implications in neurodegenerative diseases.BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE REGULATORY MECHANISMS. 01 Dec 2023. 1866(4).
- 5. Wang, Xinjian*; Fan, Chengyu; Liu, Yanfen#; Zou, Yan#; .The interconnection of endoplasmic reticulum and microtubule and its implication in Hereditary Spastic Paraplegia.COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL. Jan 2023. 21:1670-1677.
- 6. Yang, Cuiwei*; Wang, Zhangshun*; Kang, Yingjin*; Yi, Qianqian; Wang, Tong; Bai, Yun#; Liu, Yanfen#; .Stress granule homeostasis is modulated by TRIM21-mediated ubiquitination of G3BP1 and autophagy-dependent elimination of stress granules.AUTOPHAGY. 2023. 19(7):1934-1951.
- 7. Klionsky, DJ#*; Abdel-Aziz, AK; Abdelfatah, S; Abdellatif, M; Abdoli, A; Abel, S; Abeliovich, H; Abildgaard, MH; Abudu, YP; Acevedo-Arozena, A; Adamopoulos, IE; Adeli, K; Adolph, TE; Adornetto, A; Liu, YF; Liu, Y; .Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition).AUTOPHAGY. 2021. 17(1):1-382.
- 8. Chu, Yuanyuan*; Kang, Yingjin*; Yan, Cong*; Yang Cuiwei; Zhang, Tao; Huo, Huanhuan; Liu, Yanfen#; .LUBAC and OTULIN regulate autophagy initiation and maturation by mediating the linear ubiquitination and the stabilization of ATG13.AUTOPHAGY. 03 Jul 2021. 10.1080/15548627.2020.1781393.
- 9. Chu, Yuanyuan*; Dong, Xingqi; Kang, Yingjin; Liu, Jingnan; Zhang, Tao; Yang, Cuiwei; Wang, Zhangshun; Shen, Wangchen; Huo, Huanhuan; Zhuang, Min; Lu, Junxia#; Liu, Yanfen#; .The Chaperone BAG6 Regulates Cellular Homeostasis between Autophagy and Apoptosis by Holding LC3B.ISCIENCE. 20 Nov 2020. 23(11).
- 10. Zhao, Yupeng*; Feng, Zhigang*; Zou, Yan#; Liu, Yanfen#; .The E3 Ubiquitin Ligase SYVN1 Ubiquitinates Atlastins to Remodel the Endoplasmic Reticulum Network.ISCIENCE. 25 Sep 2020. 23(9).
- 11. Yan, Cong*; Huo, Huanhuan; Yang, Cuiwei; Zhang, Tao; Chu, Yuanyuan; Liu, Yanfen#; .Ubiquitin C-Terminal Hydrolase L1 regulates autophagy by inhibiting autophagosome formation through its deubiquitinating enzyme activity.BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS. 04 Mar 2018. 497(2):726-733.
- 12. Zhao, Yupeng*; Zhang, Ting; Huo, Huanhuan; Ye, Yihong#; Liu, Yanfen#; .Lunapark Is a Component of a Ubiquitin Ligase Complex Localized to the Endoplasmic Reticulum Three-way Junctions.JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY. 26 Aug 2016. 291(35):18252-18262.
- 13. Zhang, Ting*; Xu, Yue; Liu, Yanfen; Ye, Yihong#; .gp78 functions downstream of Hrd1 to promote degradation of misfolded proteins of the endoplasmic reticulum.MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL. 2015. 26(24):4438-4450.
- 14. Liu, Yanfen*; Soetandyo, Nia; Lee, Jin-gu; Liu, Liping; Xu, Yue; Clemons, William M., Jr.; Ye, Yihong#; .USP13 antagonizes gp78 to maintain functionality of a chaperone in ER-associated degradation.ELIFE. 2014. 3.
- 15. Xu, Yue*; Liu, Yanfen; Lee, Jin-Gu; Ye, Yihong#; .A Ubiquitin-like Domain Recruits an Oligomeric Chaperone to a Retrotranslocation Complex in Endoplasmic Reticulum-associated Degradation.JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY. 2013. 288(25):18068-18076.
- 16. Liu, Yanfen*; Ye, Yihong#; .Roles of p97-Associated Deubiquitinases in Protein Quality Control at the Endoplasmic Reticulum.CURRENT PROTEIN & PEPTIDE SCIENCE. 2012. 13(5):436-446.
- 17. Wang, Qiuyan*; Liu, Yanfen*; Soetandyo, Nia; Baek, Kheewoong; Hegde, Ramanujan; Ye, Yihong#; .A Ubiquitin Ligase-Associated Chaperone Holdase Maintains Polypeptides in Soluble States for Proteasome Degradation.MOLECULAR CELL. 2011. 42(6):758-770.
- 18. Liu, Yanfen*; Ye, Yihong#; .Proteostasis regulation at the endoplasmic reticulum: a new perturbation site for targeted cancer therapy.CELL RESEARCH. 2011. 21(6):867-883.
- 19. Liu, Yanfen*; Wang, Feng; Zhang, Huiyong; He, Hang; Ma, Ligeng; Deng, Xing Wang#; .Functional characterization of the Arabidopsis ubiquitin-specific protease gene family reveals specific role and redundancy of individual members in development.PLANT JOURNAL. 2008. 55(5):844-856.
项目
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1. 内质网介导的自噬小体的膜生成和调控机制，国家自然科学基金面上项目，项目负责人
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2. 帕金森病相关α-突触核蛋白的纤维状聚集形成和降解机制，国家自然科学基金面上项目，项目负责人
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3. 内质网膜错误折叠蛋白的泛素化降解机制，国家自然科学基金面上项目，项目负责人
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4. 上海科技大学启动经费，上海科技大学，项目负责人
课题组成员及合影
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姓名：王张顺
身份：博士研究生
在组时间：2018/09-至今
邮箱：wangzhsh@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：张曼
身份：博士研究生
在组时间：2018/09-至今
邮箱：zhangman@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：白洁云
身份：博士研究生
在组时间：2019/09-至今
邮箱：baijy@shanghaitech.edu.cn
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姓名：赵青
身份：博士研究生
在组时间：2021/09-至今
邮箱：zhaoqing@shanghaitech.edu.cn
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姓名：张晨昂
身份：硕士研究生
在组时间：2022/09-至今
邮箱：zhangcha2022@shanghaitech.edu.cn
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姓名：汪肄雯
身份：硕士研究生
在组时间：2022/09-至今
邮箱：wangyw2022@shanghaitech.edu.cn
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姓名：刘琳洁
身份：硕士研究生
在组时间：2022/09-至今
邮箱：liulj2022@shanghaitech.edu.cn
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姓名：黄治文
身份：本科生
在组时间：2020/09-至今
邮箱：huangzhw@shanghaitech.edu.cn
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姓名：张涛
身份：博士研究生
在组时间：2015/09-2021/12
邮箱：zhangtao1@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：杨翠薇
身份：博士研究生
在组时间：2016/09-2023/06
邮箱：yangcw@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：杨茜
身份：博士研究生
在组时间：2016/09-2023/06
邮箱：yangqian@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：康英锦
身份：工程师
在组时间：2018/05-2022/09
邮箱：kangyj1@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：储元元
身份：博士后
在组时间：2015/09-2020/08
邮箱：chuyy@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：赵玉鹏
身份：博士研究生
在组时间：2014/09-2019/07
邮箱：zhaoyp@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：黄颖婕
身份：本科生
在组时间：2019/09-2020/09
邮箱：huangyj1@@shanghaitech.edu.cn
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姓名：严聪
身份：硕士研究生
在组时间：2015/09-2018/07
邮箱：
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姓名：霍欢欢
身份：工程师
在组时间：2015/04-2018/03
邮箱：
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姓名：沈望尘
身份：本科生
在组时间：2017/09-2018/08
邮箱：
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姓名：巴方
身份：本科生
在组时间：2018/06-2019/07
邮箱：
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姓名：隋子昊
身份：访问学生
在组时间：2019/06-2019/08
邮箱：
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