中文信息

表观遗传与染色质高级结构研究组

课题组长

姓名：

马涵慧助理教授研究员博士生导师, PhD, 助理教授

职务：

所在院所：

生命科学与技术学院

荣誉称号：

教育经历：

1993/09—1997/07，北京工商大学，学士
1998/09—2004/03，中国科学院上海生命科学研究院，博士

博士后及工作经历：

2004/09—2011/04，美国麻省大学医学院，博士后
2011/04—2018/06，美国麻省大学医学院，研究员
2018/07—至今，上海科技大学，生命科学与技术学院，助理教授（TENURE-TRACK）

课题组简介

研究方向：

表观遗传与染色质高级结构研究

研究内容：

结合单细胞基因组学，基于CRISPR 的DNA 和RNA 跟踪和编辑技术，以及超高分辨率活细胞显微成像等技术来研究基因的时空调节以及细胞的命运决定，最终将设计分子机器来调节或修复基因并探索其在疾病治疗中的应用。

课题组网站：

研究成果展示

为了研究染色质动态高级结构和功能，开发了CRISPRainbow（Ma et al., Nature Biotechnol 2016）和CRISPR-Sirius

（Ma et al., Nature Methods 2018）用于在活细胞中观察基因组的三维结构，并且示踪它们的动态变化。并且利用这些技术跟踪了距离从几千个碱基到几兆个碱基的位点之间的动态相互作用（Ma et al., JCB 2019）。这些为我们研究表观遗传修饰和三维基因组结构对转录调控和细胞分化等分子机制奠定了良好的基础。

代表性论文（*第一作者，#通讯作者）

1. Ma, Hanhui^#*; Tu, Li-Chun; Naseri, Ardalan; Chung, Yu-Chieh; Grunwald, David; Zhang, Shaojie; Pederson, Thoru.CRISPR-Sirius: RNA scaffolds for signal amplification in genome imaging.NATURE METHODS. Nov 2018. 15(11):928-+.
2. Ma, Hanhui^#*; Reyes-Gutierrez, Pablo; Pederson, Thoru.A CRISPR-Based Selective Gene Inhibition Method Reveals Dynamic Features of a Cell Nucleus Nanobody Related to the Disease Myotonic Dystrophy.SMALL METHODS. 2018. 2(9).
3. Chuai, Guohui*; Ma, Hanhui; Yan, Jifang; Chen, Ming; Hong, Nanfang; Xue, Dongyu; Zhou, Chi; Zhu, Chenyu; Chen, Ke; Duan, Bin; Gu, Feng; Qu, Sheng; Huang, Deshuang^#; Wei, Jia^#; Liu, Qi^#.DeepCRISPR: optimized CRISPR guide RNA design by deep learning.GENOME BIOLOGY. 26 Jun 2018. 19.
4. Ma, Hanhui^#*; Tu, Li-Chun; Naseri, Ardalan; Huisman, Maximiliaan; Zhang, Shaojie; Grunwald, David; Pederson, Thoru.Multiplexed labeling of genomic loci with dCas9 and engineered sgRNAs using CRISPRainbow.NATURE BIOTECHNOLOGY. 2016. 34(5):528-530.
5. Ma, Hanhui*; Tu, Li-Chun; Naseri, Ardalan; Huisman, Maximiliaan; Zhang, Shaojie; Grunwald, David; Pederson, Thoru^#.CRISPR-Cas9 nuclear dynamics and target recognition in living cells.JOURNAL OF CELL BIOLOGY. 2016. 214(5):529-537.
6. Ma, Hanhui^#*; Naseri, Ardalan; Reyes-Gutierrez, Pablo; Wolfe, Scot A.; Zhang, Shaojie; Pederson, Thoru^#.Multicolor CRISPR labeling of chromosomal loci in human cells.PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 2015. 112(10):3002-3007.
7. Ma, Hanhui^#*; Reyes-Gutierrez, Pablo; Pederson, Thoru^#.Visualization of repetitive DNA sequences in human chromosomes with transcription activator-like effectors.PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 2013. 110(52):21048-21053.
8. Ma, Hanhui^#*; Pederson, Thoru^#.The nucleolus stress response is coupled to an ATR-Chk1-mediated G2 arrest.MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL. 2013. 24(9):1334-1342.
9. Ma, Hanhui*; McLean, Janel R.; Chao, Lucy Fang-I; Mana-Capelli, Sebastian; Paramasivam, Murugan; Hagstrom, Kirsten A.; Gould, Kathleen L.; McCollum, Dannel^#.A Highly Efficient Multifunctional Tandem Affinity Purification Approach Applicable to Diverse Organisms.MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS. 2012. 11(8):501-511.
10. Ma, Hanhui^#*; Pederson, Thoru^#.Nucleophosmin is a binding partner of nucleostemin in human osteosarcoma cells.MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL. 2008. 19(7):2870-2875.
11. Ma, Hanhui^#*; Pederson, Thoru^#.Nucleostemin: a multiplex regulator of cell-cycle progression.TRENDS IN CELL BIOLOGY. 2008. 18(12):575-579.
12. Ma, Hanhui^#*; Pederson, Thoru^#.Depletion of the nucleolar protein nucleostemin causes g1 cell cycle arrest via the p53 pathway.MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL. 2007. 18(7):2630-2635.
13. Ma, HH*; Yang, L; Yang, XY; Xu, ZP; Li, BL^#.Bacterial expression, purification, and in vitro N-myristoylation of fusion hepatitis B virus preS1 with the native-type N-terminus.PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION. 2003. 27(1):49-54.

专著

专利

项目

奖励

加入我们

课题组成员及合影

姓名：胡玥儿

身份：硕士研究生

在组时间：2019/03-至今

邮箱：huye@@shanghaitech.edu.cn
姓名：王向南

身份：硕士研究生

在组时间：2019/03-至今

邮箱：wangxn@@shanghaitech.edu.cn
姓名：何晓慧

身份：硕士研究生

在组时间：2019/09-至今

邮箱：hexh1@@shanghaitech.edu.cn
姓名：孙文龙

身份：硕士研究生

在组时间：2019/09-至今

邮箱：sunwl@@shanghaitech.edu.cn
姓名：韩林晓

身份：硕士研究生

在组时间：2020/01-至今

邮箱：hanlx@@shanghaitech.edu.cn
姓名：冯颖

身份：访问学生

在组时间：2018/07-至今

邮箱：v-fengying@@shanghaitech.edu.cn
姓名：杨晨

身份：访问学生

在组时间：2019/10-至今

邮箱：1152375202@@qq.com