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生物信息基因组学研究组

课题组长

姓名：

张力烨助理教授研究员博士生导师, PhD, 助理教授

职务：

所在院所：

生命科学与技术学院

荣誉称号：

教育经历：

2003/09—2007/07，上海交通大学，学士
2007/08—2012/05，美国宾夕法尼亚州立大学，博士

博士后及工作经历：

2012/06—2017/05，美国波士顿大学医学院，博士后
2017/05—至今，上海科技大学，生命科学与技术学院，助理教授（TENURE-TRACK）

课题组简介

研究方向：

生物信息学，基因组学，精准医疗

研究内容：

研究组侧重于使用多组学大数据分析，并整合单细胞测序，并建立新的计算方法来来研究肝癌发生，转移的过程中的遗传以及表观遗传发病机制。其中关注以下几点：

1. 研究癌症发生，转移的过程中基因组进化规律。

2. 开发新的针对单细胞组学的计算方法来研究癌症的免疫微环境

3. 通过多组学数据整合分析以及开发新的生物信息学算法来理解复杂生物学问题，过程和机制

课题组网站：

研究成果展示

1. 目前实验室与钟桂生课题组合作以 TGFbeta 诱导模型，结合多种组蛋白修饰，HiC，转录组分析检测到了癌症转移过程中关键转录因子，证明了这些转录因子对于表观遗传重编程在转移中发生的重要作用。文章题目为“Enhancer Reprogramming Within Pre-existing Topologically Associated Domains Promotes TGF-β-Induced EMT and Cancer Metastasis”，发表于2020年Molecular Therapy杂志。

2. 实验室开发了一个针对临床低深度测序样本构建病人多肿瘤样本构建准确系统进化树的新算法（PTI）。文章题目为“Phylogenetic Tree Inference: A Top-Down Approach to Track Tumor Evolution”，发表于2020年的Frontiers in Genetics杂志。

代表性论文（*第一作者，#通讯作者）

1. Zhang, Liye^#*; Yang, Chih-Sheng; Varelas, Xaralabos; Monti, Stefano^#; Zhang, Liye^#*; Yang, Chih-Sheng; Varelas, Xaralabos; Monti, Stefano^#.Altered RNA editing in 3 ' UTR perturbs microRNA-mediated regulation of oncogenes and tumor-suppressors.SCIENTIFIC REPORTS. 2016. 6.
2. Voena, Claudia*; Varesio, Lydia M.; Zhang, Liye; Menotti, Matteo; Poggio, Teresa; Panizza, Elena; Wang, Qi; Minero, Valerio G.; Fagoonee, Sharmila; Compagno, Mara; Altruda, Fiorella; Monti, Stefano; Chiarle, Roberto^#.Oncogenic ALK regulates EMT in non-small cell lung carcinoma through repression of the epithelial splicing regulatory protein 1.ONCOTARGET. 2016. 7(22):33316-33330.
3. Chapuy, Bjoern*; Roemer, Margaretha G. M.; Stewart, Chip; Tan, Yuxiang; Abo, Ryan P.; Zhang, Liye; Dunford, Andrew J.; Meredith, David M.; Thorner, Aaron R.; Jordanova, Ekaterina S.; Liu, Gang; Feuerhake, Friedrich; Ducar, Matthew D.; Illerhaus, Gerald; Gusenleitner, Daniel; Linden, Erica A.; Sun, Heather H.; Homer, Heather; Aono, Miyuki; Pinkus, Geraldine S.; Ligon, Azra H.; Ligon, Keith L.; Ferry, Judith A.; Freeman, Gordon J.; van Hummelen, Paul; Golub, Todd R.; Getz, Gad; Rodig, Scott J.; de Jong, Daphne; Monti, Stefano; Shipp, Margaret A.^#.Targetable genetic features of primary testicular and primary central nervous system lymphomas.BLOOD. 2016. 127(7):869-881.
4. Chapuy, Bjoern*; Cheng, Hongwei; Watahiki, Akira; Ducar, Matthew D.; Tan, Yuxiang; Chen, Linfeng; Roemer, Margaretha G. M.; Ouyang, Jing; Christie, Amanda L.; Zhang, Liye; Gusenleitner, Daniel; Abo, Ryan P.; Farinha, Pedro; von Bonin, Frederike; Thorner, Aaron R.; Sun, Heather H.; Gascoyne, Randy D.; Pinkus, Geraldine S.; van Hummelen, Paul; Wulf, Gerald G.; Aster, Jon C.; Weinstock, David M.; Monti, Stefano; Rodig, Scott J.; Wang, Yuzhuo; Shipp, Margaret A.^#.Diffuse large B-cell lymphoma patient-derived xenograft models capture the molecular and biological heterogeneity of the disease.BLOOD. 2016. 127(18):2203-2213.
5. Hiemer, Samantha E.*; Zhang, Liye; Kartha, Vinay K.; Packer, Trevor S.; Almershed, Munirah; Noonan, Vikki; Kukuruzinska, Maria; Bais, Manish V.; Monti, Stefano; Varelas, Xaralabos^#.A YAP/TAZ-Regulated Molecular Signature Is Associated with Oral Squamous Cell Carcinoma.MOLECULAR CANCER RESEARCH. 2015. 13(6):957-968.
6. Suematsu, Takuma*; Zhang, Liye; Aphasizheva, Inna; Monti, Stefano; Huang, Lan; Wang, Qi; Costello, Catherine E.; Aphasizhev, Ruslan^#.Antisense Transcripts Delimit Exonucleolytic Activity of the Mitochondrial 3 ' Processome to Generate Guide RNAs.MOLECULAR CELL. 2016. 61(3):364-378.
7. Aphasizheva, Inna*; Zhang, Liye; Wang, Xiaorong; Kaake, Robyn M.; Huang, Lan; Monti, Stefano; Aphasizhev, Ruslan^#.RNA Binding and Core Complexes Constitute the U-Insertion/Deletion Editosome.MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY. 2014. 34(23):4329-4342.
8. Zhang, Liye*; Ma, Hong^#; Pugh, B. Franklin^#.Stable and dynamic nucleosome states during a meiotic developmental process.GENOME RESEARCH. 2011. 21(6):875-884.
9. Rhee, Ho Sung*; Bataille, Alain R.; Zhang, Liye; Pugh, B. Franklin^#.Subnucleosomal Structures and Nucleosome Asymmetry across a Genome.CELL. 2014. 159(6):1377-1388.
10. Zhang, Liye*; Sement, Francois M.; Suematsu, Takuma; Yu, Tian; Monti, Stefano; Huang, Lan; Aphasizhev, Ruslan; Aphasizheva, Inna^#.PPR polyadenylation factor defines mitochondrial mRNA identity and stability in trypanosomes.EMBO JOURNAL. 15 Aug 2017. 36(16):2435-2454.
11. Wu, Pin*; Hou, Linjun; Zhang, Yingdong; Zhang, Liye^#.Phylogenetic Tree Inference: A Top-Down Approach to Track Tumor Evolution.FRONTIERS IN GENETICS. 07 Feb 2020. 10.

专著

专利

项目

1. 癌症中研究RNA编辑调节蛋白表达的机制，国家自然科学基金，项目负责人
2. 自发性早产的动因学研究，科技部国家重点研发项目，课题参与人员（非负责人）

奖励

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课题组成员及合影

姓名：赵晓静

身份：工程师

在组时间：2017/08-至今

邮箱：zhaoxj@@shanghaitech.edu.cn
姓名：戴晓敏

身份：博士研究生

在组时间：2017/05-至今

邮箱：daixm@@shanghaitech.edu.cn
姓名：王泽健

身份：博士研究生

在组时间：2017/09-至今

邮箱：wangzj@@shanghaitech.edu.cn
姓名：后林君

身份：硕士研究生

在组时间：2017/09-至今

邮箱：houlj@@shanghaitech.edu.cn
姓名：宋敏芳

身份：硕士研究生

在组时间：2017/11-至今

邮箱：songmf@@shanghaitech.edu.cn
姓名：吴频

身份：硕士研究生

在组时间：2018/09-至今

邮箱：wupin@@shanghaitech.edu.cn
姓名：刘伟振

身份：本科生

在组时间：2017/12-至今

邮箱：liuwzh@@shanghaitech.edu.cn
姓名：朱威

身份：本科生

在组时间：2018/03-至今

邮箱：zhuwei1@@shanghaitech.edu.cn
姓名：唐玮

身份：本科生

在组时间：2018/07-至今

邮箱：tangwei1@@shanghaitech.edu.cn
姓名：潘修齐

身份：本科生

在组时间：2018/07-至今

邮箱：panxq@@shanghaitech.edu.cn
姓名：王秋羽

身份：本科生

在组时间：2018/07-至今

邮箱：wangqy@@shanghaitech.edu.cn
姓名：胡瑞涛

身份：本科生

在组时间：2019/10-至今

邮箱：hurt@@shanghaitech.edu.cn
姓名：过晨玥

身份：硕士研究生

在组时间：2020/01-至今

邮箱：guochy@shanghaitech.edu.cn